Mécanismes moléculaires de la survie à long terme chez Propionibacterium freudenreichii

Propionibacterium freudenreichii est une bactérie très utilisée par l’industrie laitière. Elle appartient aux Actinomycètes connus pour leur survie pendant de longues périodes, dans des conditions environnementales défavorables. Pour mieux comprendre ce phénomène, la caractérisation phénotypique de 8 souches de P. freudenreichii a été réalisée sur 11 jours dans un milieu en carence nutritionnelle. Le taux de survie bactérienne a été mesuré par densité optique, par énumération et évaluation de la viabilité cellulaire. En outre, l’absence de lyse cellulaire a été évaluée par PCR quantitative. La croissance de P. freudenreichii a été décrite en phases exponentielle, stationnaire, stationnaire tardive et survie à long terme.Dans nos conditions expérimentales pendant la période de survie à long terme, les bactéries sont restées viables. La caractérisation phénotypique a montré que P. freudenreichii CIRM-BIA138 était la plus résistante à la carence nutritionnelle et entrait dans un état viable mais non-cultivable. Cette souche a été utilisée pour une étude fonctionnelle par RNA-Seq ainsi que pour des analyses biochimiques sur les surnageants de culture, en phases exponentielle et stationnaire. L’association de ces données transcriptomiques et métabolomiques a permis de déduire les stratégies impliquées dans la survie de cette bactérie. La préparation à l’état de dormance, la diminution du métabolisme et l’utilisation de sources alternatives d’énergie semblent impliquées dans l’adaptation et la persistence de P. freudenreichii CIRM-BIA138 en carence nutritionnelle durant de long