Phylogéographie

La phylogéographie s'efforce de comprendre les processus qui sous-tendent la répartition géographique de la variation génétique au sein d'espèces étroitement apparentées et entre elles. Ce chapitre explique ce qu'est la phylogéographie et présente les développements méthodologiques et conceptuels dans ce domaine. Au cours des premières décennies de la phylogéographie, la plupart des études ont porté sur des analyses d'ADNmt exclusivement animal. La large utilisation de ce génome cytoplasmique dans les études phylogéographiques s'explique par le fait qu'il possède plusieurs propriétés phylogénétiques favorables. Les méthodes statistiques phylogéographiques se répartissent généralement en deux catégories : celles qui adoptent une approche statistique sommaire et les analyses de vraisemblance ou bayésiennes. Les études phylogéographiques comparatives peuvent révéler les façons dont des communautés ou des assemblages entiers sont structurés par des réponses partagées à un passé commun et à un événement historique unique propre à une espèce. Depuis ses débuts, la phylogéographie comparative utilise la concordance des modèles de variation génétique comme critère d'évaluation des hypothèses.