Evolutionary, phylogenetic and biogeographical studies within the diploid-polyploid complex Veronica subsect. Pentasepalae (Veronica L., Plantaginaceae)

Evolutionary, phylogenetic, and biogeographical studies within the diploid-polyploid complex Veronica subsect. Pentasepalae (Veronica L., Plantaginaceae) Cette thèse vise à déterminer la contribution des processus de polyploïdisation et d'hybridation dans l'histoire évolutive des espèces compris dans le groupe taxonomique Veronica sous-sect. Pentasepalae. La thèse est liée à trois disciplines principales : évolution, phylogénétique, et phylogéographie. D'abord, nous avons reconstruit une phylogénie moléculaire pour Veronica sous-sect. Pentasepalae à l'aide de méthodes de distance en utilisant marqueurs AFLPs (Amplified Fragment Length Polymorphisms) incluant tous les taxons reconnus dans la sous-section, afin de comprendre les relations phylogénétiques entre espèces et d'évaluer si elles sont monophylétiques. En outre, une révision de la taxonomie du groupe a été effectuée en utilisant une approche intégrative. Cette thèse tente également d'améliorer notre compréhension des implications de la polyploïdie dans la répartition géographique des populations végétales naturelles. C'est dans ce but que nous avons effectué la première estimation approfondie des niveaux de ploïdie dans V. sous-sect. Pentasepalae à l'échelle mondiale. La relation entre les niveaux de ploïdie et les variables environnementales a été évaluée, ainsi que le rôle de l'histoire biogéographique des espèces dans la distribution géographique des cytotypes. Notre dernier objectif est de détecter les processus biologiques et historiques qui ont façonné l'histoire évolutive de Veronica aragonensis, une espèce endémique des montagnes de la Péninsule Ibérique. Séquençage de nouvelle génération et analyses HRM (high-resolution melting) ont été utilisées pour caractériser un nouvel ensemble de microsatellites spécifiques, qui ont servi à évaluer la diversité et la structure génétiques de l’espèce, ainsi que les niveaux de flux génétique au sein des populations et entre elles. Les patrons génétiques ont été étudiés dans les trois zones de répartition de V. aragonensis (les Pyrénées, les Pré-Pyrénées et le Système Bétique) afin de vérifier si la répartition actuelle de la plante correspond à un processus de fragmentation ou à un événement de dispersion à longue distance. De plus, nous avons essayé d'identifier des populations qui auraient pu servir de refuge glaciaire à V. aragonensis pendant les glaciations du Quaternaire. Finalement, nous proposons des stratégies pour la conservation de la diversité génétique de ce taxon rare et endémique.