Comparative genomics and phylogenomics of Mycobacterium tuberculosis with a special emphasis on Mycobacterium africanum

Génomique comparative et phylogénomique de Mycobacterium tuberculosis avec un accent particulier sur Mycobacterium africanum Depuis des décennies, l'homme est touché par la tuberculose. Depuis des siècles, la tuberculose reste une crise sanitaire mondiale et la principale cause de mortalité due à un seul agent infectieux. La tuberculose humaine est principalement causée par neuf lignées phylogénétiques du MTBC adaptées à l'homme. Il est important de noter que la variation des lignées de MTBC est connue pour avoir un impact sur l'infection par la tuberculose et qu'elle est cliniquement déterminée par la distribution écologique et reflète en partie l'histoire démographique de l'homme. Maf est principalement limité à l'Afrique de l'Ouest et à une partie de l'Afrique centrale pour des raisons qui ne sont pas bien décryptées, mais il est possible que le MAF soit adapté à la (aux) population(s) humaine(s) distincte(s) de l'Afrique de l'Ouest. Des études antérieures ont décrit des caractéristiques phénotypiques distinctes telles que l'association de Maf L5 avec l'ethnicité, tandis que Maf L6 a été associée à l'infection par le VIH et à une progression plus lente vers la maladie active. Des études ont été menées pour approfondir ces observations à l'aide de la génomique comparative et de l'épidémiologie moléculaire, avec des études phénotypiques limitées. Certaines études portant sur Maf L6 ont montré des caractéristiques telles qu'une croissance lente, une préférence pour le pyruvate comme source de carbone dans un milieu liquide et une nature de croissance dysgonique dans un milieu solide. La diversité observée dans les profils phénotypiques et génotypiques de MTBC pourrait influencer l'issue de la tuberculose. L'importance de la génomique a permis d'explorer la composition et la diversité de Maf et de différencier les lignées 5 et 6, car ces lignées diffèrent dans les variables associées aux patients. La génomique comparative de Mycobacterium africanum désigne l'étude de la structure génomique, du contenu en gènes et des relations phylogénétiques de cette sous-espèce de la bactérie du MTBC. Elle est une cause majeure de tuberculose en Afrique de l'Ouest et est classée en deux lignées connues sous le nom de Lineage 5 et lineage 6. Plusieurs études ont identifié plusieurs régions génomiques propres à M. africanum, telles que des délétions de gènes impliqués dans la résistance aux antibiotiques, la réponse à la croissance, l'évasion immunitaire et la virulence, ainsi que des différences dans les profils d'hôtes entre M. africanum et d'autres membres du complexe M. tuberculosis. M. africanum a une gamme d'hôtes plus restreinte et est moins virulente et historique que M. tuberculosis, peut-être en raison d'une régulation différentielle des gènes impliqués dans la pathogenèse. Contrairement à d'autres lignées telles que L2 et L4, les données sur la séquence du génome entier des isolats cliniques L5-L6 du complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC) sont encore peu nombreuses dans les dépôts publics de génomes. Des résultats récents suggèrent une grande complexité de l'histoire des L5 en Afrique. D'autre part, grâce aux récentes analyses génétiques à grande échelle, il devient évident que les souches de MTBC sont hétérogènes au niveau de la lignée. Plusieurs études ont exploré la sous-structure phylogénétique des lignées 2 et 4, les deux lignées de MTBC les plus répandues géographiquement et les plus prospères. Cependant, les lignées 5 et 6 restent des moteurs importants des épidémies de tuberculose en Afrique de l'Ouest, qui comprend des parties de l'Afrique centrale et des immigrants en Europe et en Amérique. Pourtant, à ce jour, la phylogéographie de ces deux lignées n'a pas été pleinement explorée en raison d'un manque de données globales. En revanche, la lignée 5 semble être plus diversifiée et comporter davantage de souches de type humain en Afrique. Parmi les neuf lignées de MTBC, la lignée 4, et plus particulièrement la lignée L4.6.2.2, est associée à la résistance aux antibiotiques ; il convient donc d'étudier son origine sur le continent africain.