Marsili, a „botanikus”

Az a tény, hogy a növények a „Duna művében” (Danubius Pannonico-Mysicus, Hagae, 1726) kevés helyet kaptak és illusztrációk nélkül, azt sugallhatja, hogy a növények kisebb jelentőséggel bírtak Marsigli számára, mint a természet többi eleme. Talán ezért is nagyon kevesen írtak e téren érdemeiről, kivételek Baldacci (1930) botanikai és Ramsbottom (1970), Govi (1984), Cordella (2003) Marsigli mikológiai kiértékelései. Ennek okát abban kereshetjük, hogy a bolognai tudós-katona botanikai írásainak csak kis része került kiadásra, botanikai-mikológiai tanulmányainak eredménye legnagyobb részt kézirat formájában maradt meg. Ezekben Marsili már leírja felismerését a Duna menti vegetáció tér- és időbeli dinamizmusáról, a szomszédos, de eltérő jellegű életközösségek szekvenciájáról. Módszerébe a történelmi-kulturális vonatkozásokat is belevonja, melyek kifejezésére a térképészet is lehetőséget ad. Marsiglit a kriptogám szervezeteknek tartott gombák, zuzmók és mohák eredete-szaporodása foglalkoztatta, de mikroszkóppal végzett megfigyelései és kísérletei a spontán generáció elméletéhez vezették vissza, mely több kortársa (pl. Malpighi M.) számára túlhaladott koncepció volt.