Epidémiologie moléculaire des virus influenza aviaires et cartographie du risque au Mali et en Afrique de l'Ouest

Les virus influenza aviaires constituent une menace importante pour la santé humaine et animale. Ces virus sont responsables d’une morbidité et d’une mortalité très élevées surtout dans les filières avicoles occasionnant d’énormes pertes économiques. L’Afrique de l’Ouest constitue une région où l'on manque d’information sur la circulation et les propriétés génétiques des virus influenza, malgré l’apparition de plusieurs foyers chez les oiseaux. Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés à la circulation et aux caractéristiques génétiques des virus influenza aviaires de sous-types H5N1 et H9N2 circulant en Afrique de l’Ouest. Nous avons également mis en place un modèle de cartographie du risque de propagation de ces virus. Les caractéristiques génétiques et antigéniques des virus influenza ont été déterminées à travers une caractérisation moléculaire et des analyses phylogénétiques et phylogéographiques. Le virus H5N1 retrouvé au Bénin en 2021 était hautement pathogène, appartenait à la lignée GS/GD - clade 2.3.4.4.B, et était associé aux virus H5N1 contemporains détectés en Afrique de l’Ouest et en Europe. Ce virus possédait une mutation d’adaptation aux mammifères (sur la protéine PB1) et présentait un profil antigéniquement différent des souches vaccinales recommandées par l’Organisation Mondiale de la Santé dans le cadre de la préparation pré-pandémique. Les virus H9N2 détectés chez la volaille au Mali appartenaient à la lignée G1 et possédaient aussi plusieurs marqueurs moléculaires de virulence et d’adaptation aux mammifères. Nous avons notamment trouvé un motif (RSNR) au niveau du site de clivage de l’Hémagglutinine de ces virus qui n’avait jusqu’à présent pas été détecté en Afrique. L’analyse des dynamiques spatio-temporelles des virus H9N2 a révélé que leur introduction est probablement survenue en Afrique de l’Ouest en 2015 en provenance du Maroc. Enfin, le modèle de cartographie sur la base de la méthode d’analyse multicritère d’aide à la décision associée aux systèmes d’information géographique a permis de produire des cartes de risque d’introduction et de propagation de foyers d’influenza aviaire au Mali. Ce modèle pourra servir de base pour la mise en place d’une surveillance basée sur le risque des virus influenza aviaire. En conclusion, cette thèse fournit des informations essentielles sur la circulation et les caractéristiques génétiques des virus influenza tout en proposant un modèle de cartographie du risque pouvant améliorer l’efficacité de leur surveillance en Afrique de l’Ouest.