Epidémiologie moléculaire de la fièvre aphteuse en Afrique Subsaharienne : cas du Tchad

La fièvre aphteuse (FA) est une maladie hautement contagieuse qui touche les artiodactyles domestiques et sauvages. Elle est endémique au Tchad. Cependant, il y a très peu de recherches sur la FA, car la séroprévalence et les facteurs de risque associés à la maladie et tous les sérotypes circulants ne sont pas bien connus. Les travaux de ma thèse visent à contribuer à une meilleure compréhension de l'épidémiologie de cette maladie, à déterminer les zones à risque, à estimer la séroprévalence dans trois grandes régions d’élevage (Batha, Wadi Fira et Ennedi Ouest) et à réaliser une première caractérisation moléculaire des sérotypes du virus de la FA circulant au Tchad.Une revue bibliographique a été effectuée pour collecter des données sur la mobilité animale et la situation épidémiologique actuelle de la FA au Tchad et dans les pays voisins. L’objectif de ce travail était d’établir une cartographie du risque basée sur l’occurrence de la maladie en relation avec les mouvements des animaux. Les résultats ont permis d’estimer le risque d’introduction et de propagation de la fièvre aphteuse et de représenter les zones à risque grâce à la nouvelle approche de cartographie du risque. Ainsi, 12/347 communes tchadiennes, situées aux frontières ont un risque « très élevé » d'introduction du virus de la FA aphteuse. Pour le risque de propagation, 54 et 78 communes étaient caractérisées respectivement par un risque « très élevé » et « élevé ».Par ailleurs, une enquête transversale a été menée entre octobre et nombre 2016 pour déterminer la séroprévalence de la maladie chez les ruminants domestiques et caractériser les souches virales qui circulent. Au total, 1520 échantillons de sérums (928 bovins, 216 caprins, 254 ovins et 122 dromadaires) ont été prélevés pour les analyses sérologiques et 9 tissus épithéliaux chez les bovins présentant des signes cliniques pour les analyses virologiques. Les résultats sérologiques ont montré une séroprévalence globale de 40% et des séroprévalences de 84%, 78% et 84% chez les bovins de plus de 5 ans respectivement au Batha Est, Batha Ouest et Wadi Fira. Chez les bovins de moins d'un an, la séroprévalence était estimée à 67 % au Wadi Fira, à 64 % au Batha Est et à 59 % au Batha Ouest. Chez les petits ruminants de plus de 5 ans, des séroprévalences de 63%, 45%, 34% et 10% ont été estimées respectivement au Batha Ouest, Batha Est, Wadi Fira et Ennedi Ouest. Chez les petits ruminants de moins d'un an, des séroprévalences ont été estimées : Wadi Fira (50 %), Batha Est (32 %), Batha Ouest (18 %), et Ennedi Ouest (11 %). Les résultats du sérotypage à partir des sérums d’animaux âgés de moins d’un an ont montré que les sérotypes O, A, SAT1 et SAT2 ont circulé en 2015 au Tchad. Cependant, le sérotype SAT2 dominait avec une séroprévalence globale de 43,3 % et il était présent dans toutes les zones étudiées. Il est suivi des sérotypes O (29,9%) présent aux Batha Ouest et Wadi Fira, A (22,4%) présent aux Batha Est et Batha Ouest et SAT1 (4,5%) présent seulement à Wadi Fira. Les analyses virologiques ont permis de caractériser le sérotype SAT2 du virus de la FA. Les analyses phylogénétiques de la séquence codante pour la protéine VP1 ont permis de déterminer le sérotype SAT2 topotype VII, proche des souches virales trouvées au Cameroun en 2015 avec une similarité de 98,60%.En conclusion, les résultats sérologiques confirment le caractère endémique de la maladie. En outre, les résultats de la caractérisation moléculaire prouvent le caractère transfrontalier de la maladie ceci par le biais de mouvements incontrôlés d'animaux. L’ensemble de ces résultats montrent qu’il est important que les services vétérinaires tchadiens et les chercheurs poursuivent les recherches sur l’épidémiologie moléculaire de la FA sur l’ensemble du territoire pour caractériser tous les sérotypes qui circulent, puis élaborer et mettre en place un protocole de surveillance et un plan de lutte basée sur les risques.