Emerging pathogens, lice and cutaneous microbiota in Sub-Saharan Africa

Pathogènes émergents, poux et microbiote cutané en Afrique subsaharienne La fièvre est la principale cause de consultation en Afrique-subsaharienne. Dans ces pays à ressources limitées, les causes de fièvre non palustres sont mal connues. L’objectif principal de cette thèse était d’établir le répertoire de bactéries et parasites circulant dans le sang de sujets fébriles et apyrétiques d’Afrique subsaharienne. D’autre part, la peau et les poux de tête ont été étudiés comme sources potentielles de bactéries pathogènes. Des échantillons de sang de personnes fébriles et afébriles du Gabon et de Côte d’Ivoire ont été analysés par biologie moléculaire. Au Gabon (66,8%) comme en Côte d’Ivoire (46,8%), Plasmodium falciparum était le pathogène le plus abondant aussi bien chez les fébriles que chez les afébriles. Au Gabon, les bactéries Haemophilus influenzae (1,6%), Rickettsia felis (0,9%), Streptococcus pneumoniae et Staphylococcus aureus (1,2%), ont été détectées chez les fébriles uniquement, dont 68,4% en co-infection avec le paludisme. En Côte d’Ivoire, les bactéries S. pneumoniae (7,1%) et Salmonella non Typhi (4,5%) et la co-infection P. falciparum/S. pneumoniae (p = 0,02) étaient fortement associées à la fièvre. L’étude de peaux saines de villageois pygmées et bantous du Gabon a révélé la présence de S. aureus (29,9%) et S. pneumoniae (24,6%), S. pneumoniae étant plus abondant chez les pygmées. L’étude des poux du Gabon et du Congo Kinshassa a révélé la présence de l’ADN de Borrelia spp. (3/691) au Gabon et d’Acinetobacter spp. dans les deux pays. Ces travaux contribueront à l’amélioration de la prise en charge des patients fébriles en Côte d’Ivoire et au Gabon.