Identification et caractérisation d'innovations de l'immunité innée antivirale des chauves-souris, par une approche évolutive et fonctionnelle

Les chauves-souris hébergent de nombreux virus, dont certains à l’origine de zoonoses. De plus, elles présentent souvent peu de symptômes, contrairement à d’autres mammifères. Ces caractéristiques sont notamment le résultat d'une coévolution virus–chauves-souris, contribuant à un équilibre entre une réponse antivirale efficace et une tolérance immunitaire. Afin de mieux comprendre ces interactions hôte-virus, nous cherchons à caractériser les innovations génomiques et fonctionnelles impliquées dans les réponses immunitaires des chauves-souris. À partir de cellules primaires de Myotis (plusieurs individus et espèces), nous avons réalisé des tests d’infections virales et un RNAseq avec des stimulations immunitaires. Après stimulation, les cellules ont développé une réponse antivirale, mais avec une forte variabilité inter-espèces et inter-virus. La transcriptomique a permis d’identifier la régulation à la hausse de gènes stimulés par l'interféron (ISG) typiques des mammifères, et des réponses quantitatives et qualitatives spécifiques aux Myotis et à l’espèce. Pour l’un des ISG le plus différentiellement exprimé, nous avons trouvé, par une approche phylogénomique, des évidences de sélection positive et des pertes naturelles de motifs de prénylation chez certaines espèces. Par imagerie à immunofluorescence sur dix orthologues et par des tests d’infections, nous avons observé que ces adaptations modifiaient la localisation de la protéine dans le réseau transgolgien et impactaient son activité antivirale. Ces travaux mettent en évidence des adaptations naturelles contribuant à l'immunité des chauves-souris et donnent un aperçu de l'évolution fonctionnelle d’effecteurs antiviraux.