Développement de stratégies de criblage de mutations d'épissage dans des gènes de prédisposition au cancer.

Le développement du séquençage de l’ADN à haut débit a grandement facilité le criblage de variations génétiques dans le génome des patients. Désormais, l’un des principaux défis de la génétique médicale n’est donc plus la détection des variations, mais leur interprétation fonctionnelle et clinique. Récemment, nous avons montré, à l’aide de tests fonctionnels basés sur l’utilisation de minigènes, que bien que le nombre de mutations d’épissage, et en particulier celles qui affectent sa régulation, est actuellement sous-estimé, l’effet de ces variations pourrait être dorénavant prédit à l’aide d’outils bioinformatiques spécifiques. Nous avons ainsi étendu l’évaluation du caractère prédictif de ces quatre nouvelles approches bioinformatiques par une étude comparative des scores générés par ces approches avec des données expérimentales obtenues pour un total d’environ 1200 variations exoniques. Nos travaux ont ainsi démontré la fiabilité de ces approches, utilisées seules ou en combinaison, et ont permis de proposer des recommandations quant à leur utilisation en tant qu’outils de filtration pour prioriser les variations à analyser dans des tests fonctionnels axés sur l’épissage. Néanmoins, une analyse mutationnelle exhaustive ciblée sur l’exon 7 de MLH1, a mis en évidence l’échec apparent de ces approches, pourtant validées par des études menées sur l’exon 7 de BRCA2, l’exon 10 de MAPT et l’exon 5 de MSH2, laissant suggérer que ces méthodes pourraient ne pas s’appliquer de manière équivalente à tous les exons et/ou à tous les gènes. En effet, nous avons montré que cet exon était doté de caractéristiques particulières, i.e. de sites d’épissage remarquablement forts, lui conférant une résistance totale aux mutations de régulation d’épissage et mettant en échec les outils de prédictions. Ces données contribuent à mieux déterminer les limitations de ces outils bioinformatiques tout en contribuant à leur amélioration. En dépit de ces avancées, l'évaluation de la pathogénicité des mutations d'épissage reste complexe, en particulier celles conduisant à des anomalies d'épissage en phase et/ou partielles. En utilisant, comme modèle d’étude, des variations à l’origine du saut partiel de l’exon 3 de BRCA2, nos résultats ont révélé que l’activité tumeur-suppressive de BRCA2 tolère une réduction substantielle du niveau d’expression, étant donné qu’un allèle produisant jusqu’à 70% de transcrit codant une protéine déficiente n’est pas nécessairement associé à un risque élevé de développer un cancer. L’ensemble de ces données a d’importantes implications dans le diagnostic moléculaire et la prise en charge des patients et de leurs apparentés, avec un bénéfice direct pour les familles évocatrices d’une prédisposition héréditaire et devrait contribuer à l’interprétation de VSI identifiées par séquençage à haut débit dans toute autre pathologie d’origine génétique.