Deciphering the splicing landscape of Ewing sarcoma

Etude de l’épissage alternatif dans le sarcome d’Ewing Certains cancers peuvent être caractérisés par un facteur de transcription aberrant. C’est le cas du sarcome d’Ewing qui est caractérisé par une translocation chromosomique générant une protéine de fusion appelée EWSR1-ETS. Ces protéines de fusion ont principalement été étudiées en tant que facteur de transcription car elles ont la capacité de se fixer sur des séquences de type répétition de GGAA dans le génome et d’activer la transcription de nombreux gènes. Les fusions EWSR1-ETS ont aussi la capacité de recruter les protéines du complexe du remodelage de la chromatine afin d’augmenter l’accessibilité aux régions riches en répétition de GGAA et donc promouvoir un programme transcriptionnel aberrant. Cette propriété dépend majoritairement de la partie EWSR1 et de son domaine de faible complexité qui lui permet, notamment, d’interagir avec de nombreuses protéines. Les fusions EWSR1-ETS ont aussi été impliquées dans la régulation de l’épissage alternatif ; mais à ce jour cette fonction reste peu décrite et est principalement attribuée à la partie EWSR1. Cependant, il a récemment été montré que la protéine ERG (qui est très homologue à FLI1) contrôle la stabilité des ARN messagers. Ces observations nous ont mené à tester le rôle potentiel de ERG (et par conséquent de FLI1) dans l’épissage alternatif afin de mieux décrire les mécanismes impliqués dans la régulation de l’épissage alternatif induite par les protéines de fusion EWSR1-ETS dans le sarcome d’Ewing. Ce travail a permis d’identifier une nouvelle fonction des protéines de la sous-famille ERG (ERG, FLI1 et FEV) dans la régulation de l’épissage alternatif. Nous avons montré que les protéines ERG interagissent avec RBFOX2, un régulateur de l’épissage et que ERG et RBFOX2 induisent une régulation de l’épissage similaire suggérant, ainsi, un mécanisme de collaboration. Nos résultats démontrent que ERG interagit avec RBFOX2 par son extrémité C-terminale. De manière intéressante, ce domaine est retenu dans les fusions EWSR1-ETS. Nous avons donc confirmé que les fusions EWSR1-ETS étaient aussi capable d’interagir avec RBFOX2 et d’induire un programme d’épissage alternatif commun. Cependant, au contraire de la collaboration observée pour ERG et RBFOX2, nous avons montré que les fusions EWSR1-FLI1 ont un rôle opposé sur le programme d’épissage de RBFOX2. Nous avons également montré que EWS-FLI1 induisait l’épissage alternative du gène ADD3 ce qui a pour conséquence la répression du phénotype mésenchymateux des cellules du sarcome d’Ewing. Notre travail a permis d’identifier de nouveaux mécanismes afin de mieux comprendre comment la dérégulation de l’épissage alternatif par des facteurs de transcriptions oncogéniques influent sur la biologie du sarcome d’Ewing.