Sianlihan laatuominaisuuksien genominen analyysi SNP-markkereiden avulla

Sianlihan laadulla on tärkeä merkitys teollisten lihatuotteiden eri prosessointivaiheissa ja kuluttajien käyttäessä tuorelihaa ruuan valmistukseen. Sianlihasta valmistetun ruuan tulee olla sekä maukasta, terveellistä että rakenteeltaan hyvää. Lihan laatuun vaikuttavat ominaisuudet mm. lihan pH ja väripisteet ovat olleet kansallisesti jalostettavia ominaisuuksista jo noin 20 vuoden ajan. Nykyinen lihan laatuominaisuuksien jalostaminen perustuu koeasemalla kasvatettujen eläinten ruhoista mitattuihin sisäpaistin ja kyljyksen pH-arvoon (noin 20h teurastuksesta), lihan vaaleuteen (L*) ja lihan punaisuuteen (a*). Lihan laatuominaisuuksiin vaikuttaa oletettavasti suuri joukko eri geenejä, tosin joitain suurivaikutteisia geenimuotoja esim. halotaanigeenissä ja RN-geenissä on myös olemassa eri osuuksilla eri roduissa. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli löytää kromosomialueita ja geenejä, jotka vaikuttavat lihan laatuominaisuuksiin. Tutkimuksessa määritettiin 328 Suomalaisen maatiaisrotuisen keinosiemennyskarjun ja 295 yorkshire-rotuisen keinosiemennyskarjun genotyypit noin 50 000 SNP (single nucleotide polymorhism) suhteen käyttämällä kaupallista Illumina PorcineSNP60 sirua. Tutkittavina muuttujina käytettiin kansallisesta jalostusarvostelusta saatuja jalostusarvon ennusteita eri lihanlaatuominaisuuksien suhteen. SNP assosiaatio lihanlaatuominaisuuksien suhteen testattiin painotetun lineaarisen mallin avulla, joka sisälsi SNP-vaikutuksen lisäksi eläinten sukulaisuudet huomioivan polygeenisen tekijän. Mallin painokerroin perustui jalostusarvojen ennusteiden luotettavuudelle. Tilastollisesti merkitseviksi SNP:ksi katsottiin SNP, jonka P-arvo oli alle 2,0E-06 (merkitsevyysraja määritetty Bonferroni-korjauksen avulla). Maatiaisrodulla kaksi SNP kromosomissa 7 (ASGA0037025, 130470366bp, P-arvo=8,6E-07 ja MARC0045334, 133942365bp, P-arvo=1,8E-06) olivat merkitseviä kyljyslihan a*-värin suhteen ja yksi SNP kromosomissa 15 (INRA0050276, 114169040 bp, P-arvo=7,1E-07) oli tilastollisesti merkitsevä sisäpaistin pH-arvon suhteen. Sama kromosomin 15 alue oli myös tilastollisesti merkitsevä yorkshirerodulla (15 eri SNP:ä, joista paras SNP. ALGA0087116, 113451557bp, P-arvo 4,7E-09) sekä kyljyksestä että sisäpaistista mitatun pH:n suhteen. Tilastollisesti merkitsevä alue on 2Mb pitkä ja se sisältää mm. tunnetun RN-geenin (PRKAG3-geeni). Yorkshirerodulla oli myös tilastollisesti merkitsevä SNP kromosomissa 6 (M1GA0008574, 46347641pb, P-arvo= 7,5E-07) kyljyksen a*-värin sekä kuuden SNP määrittämä alue kromosomissa 2 (paras SNP, MARC0005485, 26930095bp, P-arvo= 7,0E-08) kyljyksen L*-värin suhteen. Tulokset osoittavat, että kummassakin kotimaisessa sikarodussa on mahdollista muuttaa lihan laatuominaisuuksia haluttuun suuntaan myös SNP-markkeritiedon avulla.