Prédiction in sillico d' opérons impliqués dans la synthèse d' exopolysaccharides bactériens

Les exopolysaccharides (EPS) sont des polymères de sucres synthétisés par la majorité des bactéries du sol, leur fournissant une protection vis-à-vis du stress hydrique et de la prédation. Ils jouent également un rôle très important dans les interactions avec les racines des plantes. L'analyse biochimique de leur composition et de leur structure est longue et coûteuse. Nous proposons une approche génomique qui est à la fois plus rapide et moins coûteuse pour les identifier. Les gènes impliqués dans la biosynthèse des EPS sont organisés en opérons, facilitant l'analyse bioinformatique des génomes des bactéries productrices d'EPS. Nous avons conçu un outil bioinformatique de prédiction d'opérons en recherchant les gènes impliqués dans la biosynthèse des EPS. Cette prédiction permet de retrouver la totalité des opérons connus dans la littérature, de comparer des opérons entre eux et de les regrouper par similarité. Les bactéries peuvent donc être comparées en fonction du type d'EPS qu'elles produisent. Les applications en termes de diagnostic sont de pouvoir prédire le type d'EPS produit par une bactérie dont on a le génome ou dans un sol dont on peut déterminer le métagénome.