Standardisation d'une méthode de suivi de la faune piscicole en écosystèmes lentiques par l'ADN environnemental

La surveillance biologique des écosystèmes aquatiques continentaux est au coeur de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE), et représente une démarche clé pour le suivi de l'état écologique des masses d'eau et leur protection. Elle s’appuie sur des réseaux de suivis pérennes et des techniques d’échantillonnages standardisées permettant une comparaison spatiale et temporelle de l’état des masses d’eau. Toutefois ces méthodes présentent des limites, c'est notamment le cas de l'utilisation des filets maillants pour le suivi des communautés piscicoles lentiques, méthode normalisée au niveau européen mais coûteuse et létale pour les espèces prélevées.Les innovations technologiques en biologie moléculaire (e.g. séquençage ADN haut-débit) permettent d'envisager l'utilisation de l'ADN environnemental (ADNe) comme alternative aux méthodes traditionnelles d'échantillonnage des poissons. Toutefois, contrairement aux méthodes traditionnelles il n'existe pas encore de protocoles standardisés pour les différentes étapes de la méthode ADNe et par ailleurs son pouvoir quantitatif est encore discuté. Le travail mené dans cette thèse vise à progresser sur la formalisation d’un protocole standard d'échantillonnage ADNe applicable en milieux lentiques pour le suivi des assemblages piscicoles.Pour ceci, nous apportons à l’issue de ce travail des informations concernant la variabilité spatio-temporelle des détections des peuplements piscicoles afin de mieux comprendre où et quand réaliser les échantillonnages ADNe pour être le plus représentatif de la diversité piscicole. Par ailleurs, en considérant diverses typologies de lacs (naturels ou d’origine anthropique), allant des petits plans d’eau de quelques hectares à des plans d’eau de plusieurs centaines d’hectares, nous avons mieux estimé l’effort d’échantillonnage nécessaire pour évaluer au mieux l’ensemble des espèces composant les assemblages piscicoles. En parallèle, grâce à une étude expérimentale, nous avons étudié les modifications des quantités d’ADNe dans l’eau sous l’effet de certains facteurs abiotiques (température) et biotiques (la structure en taille des populations de poissons).L’ensemble des résultats acquis permettent de donner des préconisations d’échantillonnage allant dans le sens de l’établissement d’un protocole standard. Par ailleurs la méthode ADNe fait encore l’objet de nombreux développements dans le but d’obtenir une information quantitative plus représentative de la réalité du terrain (abondances-biomasses relatives des espèces), ce qui devrait permettre de répondre à terme aux besoins de biosurveillance et de bioindication. Le transfert opérationnel des méthodes ADNe, en parallèle des méthodes traditionnelles, doit être favorisé et accompagné (auprès des utilisateurs finaux et de terrain) afin d’assurer une mise en oeuvre appropriée et une adhésion à ces nouvelles méthodes non invasives et offrant des potentialités allant au-delà des seuls inventaires taxonomiques