Le virus Lassa au Bénin : caractérisation génomique des isolats des cas positifs responsables de l’épidémie de 2023

Introduction Endémique dans certaines parties de l’Afrique de l’Ouest, la fièvre Lassa est une zoonose associée à une maladie hémorragique aiguë et causée par le virus Lassa avec plusieurs décès annuellement dans cette partie de l’Afrique. Contrairement aux épidémies des années antérieures qui apparaissent en saison sèche, le Bénin a connu en pleine saison pluvieuse (Août – septembre) de l’année 2023 plusieurs cas de fièvres hémorragiques à virus Lassa en milieu hospitalier dans les villes de Parakou et de Boko au Nord-Est du pays. Face une telle résurgence en pleinement saison pluvieuse, la présence étude s’est intéressée à la caractérisation génomique des isolats des cas positifs pour une meilleure compréhension épidémiologique de cette fièvre. Methods Les échantillons diagnostiqués positifs à partir du kit Altona 2. 0 au Laboratoire de Référence des Fièvres hémorragiques Virales du Bénin (LFHV) ont été conservés à -20 degrés pour le séquençage à l’Institut de Recherche Clinique du Bénin (IRCB). Les librairies étaient préparées sur la plate-forme Illumina (ISEQ100) et l’enrichissement viral s’est fait par sondes (comprehensive viral panel, Twist Bioscience) à l’IRCB et au LFHV. Un pipeline bioinformatique, GeVarLi, a été utilisé pour le contrôle de qualité, le filtre, l’alignement et l’assignation des virales. Les nouvelles séquences sont alignées avec les séquences de références humaines disponible dans la genbank pour les analyses phylogénétique (PhyML). Results Sur un total de 30 cas suspects en provenance du Nord Bénin pendant la saison pluvieuse, 7 cas ont été diagnostiqués positifs et tous étaient de long (L) fragment du virus Lassa. Les résultats de séquençage révèlent des génomes complets pour le virus Lassa, et les analyses phylogénétiques montrent que ces génomes sont étroitement en lien avec les précédentes souches de lignée VII de Lassa isolées au Bénin Conclusion Les résultats de ce travail de séquençage montrent que le Bénin à son propre réservoir du virus Lassa. Il urge à cet effet que les autorités sanitaires mettent l’accent sur la surveillance sanitaire de cette fièvre afin d’anticiper les épidémies.