Etude de la décontamination oropharyngée dans la prévention des infections nosocomiales des patients sous ventilation mécanique invasive en réanimation : épidémiologie, pharmacodynamie et génétique de la résistance à la chlorhexidine

Les pneumonies acquises sous ventilation mécanique (PAVM) sont une des premières causes de morbi-mortalité en réanimation. Les phénomènes de micro-inhalations des sécrétions oropharyngées en constituent un des principaux mécanismes physiopathologiques. Parmi les pathogènes responsables de PAVM, Escherichia coli est une espèce émergente. Cependant, malgré leur incidence croissante, peu de données existent quand aux isolats d’E. coli responsables de PAVM.La colonisation oropharyngée est donc une cible clé pour réduire le risque de PAVM, par le biais de la décontamination oropharyngée, dont la chlorhexidine (CHX) est un des agents les plus utilisés. Cependant, son efficacité en soins oropharyngés est débattue, en raison de la discordance des résultats de différentes méta-analyses. De façon assez surprenante, il n’existe aucune validation microbiologique directe de l’efficacité de la CHX sur la colonisation oropharyngée de patients de réanimation sous ventilation mécanique.Cette thèse présente un double objectif : décrire les caractéristiques génomiques et phylogénétiques des souches d’E. coli responsables de colonisation respiratoire ou de pneumonie en réanimation, puis aborder les phénomènes contribuant à une éventuelle inefficacité des soins de bouche à la CHX, chez les patients sous ventilation mécanique invasive. Ainsi, dans un premier travail, une cohorte nationale de 307 isolats d’E. coli responsables de colonisation et d’infection respiratoire a été analysée. Les 260 isolats responsables de pneumonie, non différents de ceux responsables de colonisation respiratoire, étaient comparés à des isolats d’E. coli commensaux et responsables de bactériémies. Les isolats respiratoires, majoritairement de groupe phylogénétique B2, présentaient un profil singulier, avec une sur-représentation des sous-groupes III (Stc127) et IV (STc141), une sous-représentation du sous-groupe IX (Stc95), et un contenu particulier en facteurs de virulence. Un second travail a permis d’objectiver une diminution de sensibilité à la CHX d’une partie de ces isolats respiratoires d’E. coli, corrélée à une résistance aux fluoroquinolones, aminosides, cyclines, et céphalosporines.Dans un troisième travail, nous avons mis en évidence l’absence d’efficacité microbiologique des soins de bouche à la CHX chez les patients intubés, en partie expliquée par une faible concentration salivaire en CHX, associée à une moindre sensibilité de certains isolats oropharyngés à la CHX. L’ensemble de ces données permet, d’une part, de définir la spécificité des isolats respiratoires d’E. coli, et d’autre part, d’éclairer les mécanismes conduisant à l’inefficacité des soins oropharyngés à la chlorhexidine. L’étude des mécanismes de moindre sensibilité à la CHX est en cours, et conduit à envisager, entre autres, un mécanisme d’efflux. Ainsi, ce travail souligne le besoin urgent de développer d’autres méthodes visant à prévenir les PAVM.