Le régulon SarA chez Staphylococcus aureus : analyse combinée RNA-Seq, ChIP-Seq et bio-informatique. Focus sur des cibles sARN

Staphylococcus aureus est un pathogène opportuniste de l’Homme. La régulation de sa virulence est assurée par l’action coordonnée de facteurs de transcription comme SarA et d’ARN régulateurs. SarA est un régulateur majeur, impliqué dans la formation de biofilm, la résistance aux antibiotiques et l’expression de facteurs de virulence. La détermination de l’ensemble des cibles régulées par SarA présentée dans cette étude permettra de mieux appréhender les réseaux de régulation chez S. aureus. La combinaison d’analyses transcriptomiques (RNA-Seq), de ChIP-Seq et de bio-informatique a mis en évidence 140 gènes régulés par SarA. La régulation transcriptionnelle directe de 9 gènes codant des protéines, et 7 gènes exprimant un sARN a été validée expérimentalement (un sARN se définissant comme un potentiel ARN régulateur). SarA réprime l’expression d’une toxine (sprG2) et d’une antitoxine (sprA2AS) appartenant à deux systèmes toxine-antitoxine de type I distincts. Par ailleurs, l’analyse comparative entre les cibles sARN de SarA et celles publiées pour le facteur de transcription CodY révèle que les gènes sARN teg1, rsaOB, rsaD et teg16 seraient régulés par CodY et SarA de manière coordonnée au cours de la croissance. Ces sARN sont connus ou prédits pour être impliqués dans la synthèse d’acides aminés (méthionine et acides aminés branchés) chez S. aureus. De plus, Teg16 et RsaD semblent partager des fonctions métaboliques communes puisque chacun régule la production d’une acétolactate synthase distincte. Ces travaux mettent en lumière les doubles régulations de gènes sARN par des facteurs de transcription, avec ici l’exemple de SarA et CodY chez S. aureus.