Intégrons de classe 3 : aspects mécanistiques et épidémiologiques

Les intégrons sont des supports génétiques bactériens de capture, d’expression et de dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques sous forme de cassettes. Ils sont majoritairement décrits chez les bactéries à Gram négatif chez qui ils confèrent généralement un phénotype de multirésistance. Les intégrons de résistance (IR) jouent un rôle majeur dans l’acquisition de la résistance dans le monde bactérien. Il existe 3 principales classes d’IR ; les IR de classe 1, les IR de classe 2 et les IR de classe 3 (IR3). Contrairement aux 2 premières classes, les IR3 représentent la classe d’intégrons de résistance la moins étudiée. Très peu de travaux s’intéressent à leur étude et on dénombre actuellement moins de 10 IR3 entièrement caractérisés. Les objectifs de ce travail de thèse étaient (i) d’effectuer une étude épidémiologique des IR3 en France et au Cameroun et (ii) d’étudier les modalités d’expression de l’intégrase et des cassettes de ces intégrons. Nos travaux ont permis d’isoler puis de décrire 3 nouveaux IR3 présents au sein de bactéries environnementales appartenant aux genres Aeromonas, Acinetobacter et Citrobacter. Les cassettes de ces IR3 codent des résistances aux bétalactamines, aminosides et ammoniums quaternaires. De plus, nous avons caractérisé des IR3 dans 3 souches de Delftia spp. (2 D.acidovorans et 1 D. tsuruhatensis) isolées en Afrique ; les cassettes de ces intégrons ne codent pas de résistance aux antibiotiques. L’axe plus fondamental de ce travail de thèse a permis de montrer que le PintI3(1) est le promoteur impliqué dans l’expression du gène intI3. De plus, nous avons montré que les variants du promoteur Pc, ainsi que les variants du promoteur PintI3(1) sont fonctionnels et de force différente. Il ressort de nos travaux que l’environnement constituerait un réservoir d’intégrons de classe 3 et que ces supports génétiques pourraient jouer un rôle important dans la dissémination de la résistance au sein de cet écosystème.