Recherche de biomarqueurs plasmatiques pour prédire la qualité de la viande bovine

Le secteur de l'élevage bovin est en attente d'outils permettant de prédire et piloter les qualités sensorielles de la viande, notamment la tendreté qui est une priorité pour les consommateurs et pour la filière. La qualité de la viande est un phénotype complexe qui ne peut être évalué que tardivement après l'abattage des animaux et maturation de la viande. Depuis plus de 15ans, des recherches ont permis d'identifier des marqueurs de la qualité de la viande utilisables sur échantillons musculaires prélevés par biopsie ou sur carcasse. Cependant, des travaux récents ont rapporté des relations parfois inverses entre l’abondance de certains biomarqueurs et la tendreté de la viande selon le muscle ou le type d’animal considéré. Ainsi, l'identification de biomarqueurs « génériques » et peu-invasifs s’impose comme un enjeu pour le secteur bovin. Dans ce contexte, l’objectif de ma thèse a été d’identifier de potentiels biomarqueurs plasmatiques pour prédire la tendreté de la viande bovine. Afin de répondre à cet objectif, mes travaux de thèse se sont articulés autour de deux approches: (i) une approche d’intégration de données moléculaires combinée à une analyse bio-informatique (approche in-silico) pour prédire le sécrétome plasmatique ; (ii) une approche expérimentale, basée sur la stratégie protéomique Shotgun LC MS/MS, pour identifier des candidats plasmatiques et des candidats musculaires (muscles Longissimus et Rectus abdominis) à partir de groupes de génisses IGP Fleur d’Aubrac contrastées pour la tendreté. Afin de caractériser ce phénotype complexe, les groupes extrêmes analysés ont été déterminés selon trois systèmes d’évaluation de la tendreté (Warner Brazler Shear Force, sensoriel et index synthétique combinant ces deux systèmes). La combinaison de ces deux approches a permis de proposer pour la première fois une liste de 107 protéines plasmatiques candidates pour évaluer la tendreté de la viande bovine, parmi lesquelles 32 sont retrouvées dans des QTL de tendreté. Cette stratégie a également permis de compléter la liste de candidats musculaires déjà connus. Les données agrégées dans la littérature sont majoritairement associées à des bovins mâles (taurillons et bouvillons), ainsi ces travaux permettent de proposer pour la première fois une liste de candidats musculaires et plasmatiques pour la tendreté de génisses. Ces travaux de thèse ont également permis de compléter les connaissances sur le déterminisme de la tendreté, notamment via l’implication des voies de sécrétion vésiculaires (micro-vésiculaire et macro-vésiculaire (exosome)) et les cils primaires. Ces résultats pourraient permettre de proposer des outils de phénotypage pour prédire « le potentiel tendreté » du vivant de l’animal, mais aussi de valoriser des filières de qualité, d’orienter/segmenter les marchés et de proposer des conduites d’élevage adaptées au potentiel des animaux.