Caracterização funcional e estrutural comparativa in silico de uma proteína PR-5 do tipo taumatina de Poncirus trifoliata.

A busca por novos antifúngicos tem direcionado esforços para proteínas da imunidade inata de plantas, conhecidas como proteínas relacionadas à patogênese, particularmente da família PR-5. Indicar novos genes que codificam proteínas antifúngicas, dentre milhares de sequências gênicas disponíveis em bancos de dados, é uma especialidade da bioinformática de grande interesse na era pós-genômica, que requer conhecimentos sobre funções e estrutura de proteínas. Neste contexto, este trabalho descreve a caracterização funcional e estrutural comparativa in silico de uma proteína PR-5 do tipo taumatina de Poncirus trifoliata, denominada PtTLP, por uma estratégia que envolveu técnicas de modelagem e docking molecular. A estrutura proposta para a PtTLP apresentou um modelo estável e representativo, dentro dos padrões avaliados, o que pode ser considerado uma representação muito próxima da estrutura real da proteína. A sua estrutura obtida por modelagem comparativa evidenciou características típicas de proteínas TLPs, incluindo a existência de três domínios, oito pontes de sulfeto e uma fenda interdomínios carregada eletronegativamente, denominada sítio ativo da proteína. O modelo construído foi depositado na base de dados PMDB, disponível online. PtTLP interagiu com as moléculas de 1,3-β-glucana, 1,4 -β-glucana, 1,6 -β-glucana, N-acetilglucosamina, 1,3-β-D-glucose e 1,4-β-D-glucose, com interações comprovadas por energias negativas, pela orientação das estruturas na região que comporta o sítio ativo da proteína, ao contrário da interação com a molécula de quitina, que apresentou energia de ligação positiva e ancorou fora do sítio ativo da proteína. Estes dados dão evidências para possíveis atividades de β-glucanase e de ligação a monômeros de carboidratos solúveis para PtTLP e abrem um leque de questões a serem investigadas acerca desta proteína. Estas atividades precisam ser experimentalmente comprovadas, visto que esta proteína é forte candidata, como antifúngico e antioomiceto, para aplicações biotecnológicas na agricultura, na indústria farmacêutica e alimentícia.