Recombinaison inter-groupes M et O du VIH-1 : Capacité réplicative, impact du profil de recombinaison et transmission mère-enfant.

La forte diversité génétique des VIH-1 et la co-circulation des VIH-1 de groupes M et O au Cameroun a favorisé le phénomène de recombinaison génétique. Ce phénomène de recombinaison est possible entre ces groupes, malgré leur divergence génétique importante. Depuis 1999, 19 formes recombinantes uniques (URF_MO) ont été décrites. Ces formes sont rares et leurs propriétés virologiques, ainsi que leur impact clinique sont mal compris, en raison de leur profil génétique atypique.Ces travaux avaient pour objectif, d’une part, d’étudier le potentiel réplicatif et l’impact du profil de recombinaison de ces formes recombinantes VIH-1/MO et d’autre part, de caractériser une nouvelle URF-MO dans un contexte rare de transmission mère-enfant.Premièrement, des essais de génération de clones moléculaires infectieux (CMI) parentaux VIH-1/M et VIH-1/O et chimériques (CMIC) VIH-1/MO ont été réalisés afin de comparer le potentiel réplicatif des virus parentaux et recombinants correspondants entre eux. Plusieurs essais ont été réalisés au laboratoire et par une société extérieure. Les virus correspondants ont été produits par génétique inverse. Un nouveau CMI VIH-1/M, appelé pM-A-062021 de sous-type A, a pu être produit au cours de ce projet. Aucune autre construction n’a pu aboutir à un clone stable et/ou infectieux après transfection puis culture cellulaire in vitro.Deuxièmement, nous avons comparé les cinétiques de réplication de deux souches recombinantes VIH-1/MO, OM-TB-2016 et RBF208, présentant une diversité génétique et un profil de recombinaison différents. Quatre cinétiques de réplication ont été réalisées après mise en en culture in vitro de chaque souche. Le suivi de la réplication a été effectué à l’aide de deux marqueurs, la mesure de la quantité d’antigène P24 et de l’activité de la transcriptase inverse, dans chaque surnageants de culture. Les résultats ont montré qu’il n’y avait pas de différence de potentiel réplicatif entre ces deux souches mais, une plus forte mortalité cellulaire a été observée pour la souche OM-TB-2016.Enfin, ce travail a permis de caractériser une nouvelle forme recombinante VIH-1/MO, au cours de l’année 2022, dans un contexte rare de transmission verticale. Les génomes complets de la mère et de son enfant ont été caractérisés par séquençage Sanger et par le développement d’une technique de séquençage à haut-débit, appliquée à ces formes VIH-1/MO. Notre étude a pu prouver que ces formes recombinantes sont transmissibles de la mère-enfant et qu’elles ne sont pas atténuée in vivo en absence de traitement. Deux points de cassure ont été identifiés, comme pour la majorité des formes recombinantes VIH-1/MO déjà identifiées. L’étude phylogénétique a toutefois montré l’absence de lien avec les autres formes recombinantes déjà décrites, portant à 20 le nombre d’URF_MO décrites in vivo.Ces travaux ont permis de conclure que ces formes possèdent un potentiel réplicatif non atténué in vitro et in vivo. La faible proportion de ces formes au niveau mondial indique une diffusion limitée, mais les données de ces travaux indiquent qu’elles possèdent néanmoins un potentiel pour émerger et doivent être surveillées.