Apport de la recombinaison dans l’optimisation des plans de croisements de blé tendre

Le choix du plan de croisements représente un enjeu crucial en sélection afin d’assurer le progrès variétal à court et long terme. La distribution des valeurs génétiques des descendants d’un croisement tient compte de la complémentarité allélique des parents et de la probabilité de cumuler ces allèles dans les descendants par recombinaison. L’objectif de cette thèse est double : d’une part, étudier la variabilité du profil de recombinaison entre groupes génétiques divergents de blé tendre, et d’autre part, évaluer l’apport d’une prise en compte de la recombinaison dans l’optimisation des plans de croisements dans le cadre d’un programme de sélection de blé tendre d’hiver. Dans un premier temps, cette thèse a permis d’estimer le profil de recombinaison des quatre principaux groupes génétiques du blé tendre, à partir de leurs patrons de déséquilibre de liaison. La corrélation des taux de recombinaison diminue avec la différenciation génétique des groupes génétiques. Ce résultat suggère que les facteurs qui déterminent la position des crossing-over chez le blé tendre sont soumis à des forces évolutives. Dans un deuxième temps, les taux de recombinaison précédemment estimés et un modèle de prédiction génomique ont été utilisés pour prédire la valeur des croisements de blé tendre dans le cadre d’un programme de sélection simulé. Plusieurs critères de sélection des croisements décrits dans la littérature ont été comparés. Un nouveau critère a été développé qui trie les croisements d’après la proportion de descendants dont la valeur génétique est supérieure à un seuil. L’optimisation des plans de croisements a consisté à répartir le nombre de descendants total entre les meilleurs croisements, en prenant en compte des contraintes empiriques sur les contributions parentales, pour limiter la perte de diversité génétique. Par rapport à une simple sélection des croisements sur la valeur génétique des parents, les critères basés la recombinaison permettent un gain génétique plus important tout en limitant la perte de diversité génétique. La principale limite est le manque de précision de l’estimation des effets des marqueurs par la prédiction génomique. D’un point de vue plus appliqué, cette thèse a permis le développement d’un outil d’optimisation des plans de croisements. Cet outil performant en termes de rapidité de calcul sera enrichi et pourra aider les sélectionneurs à améliorer la conversion de la diversité génétique en progrès génétique.