Phylogenetic analysis and member addition in the anti-CRISPR family

Analyse phylogénétique et ajout de membres dans la famille anti-CRISPR Les principaux objectifs de ce travail de thèse sont de fournir une revue complète du système CRISPR-Cas et Anti-CRISPR qui est principalement utilisé dans le domaine du génie génétique de nos jours et l'identification et l'ajout de nouveaux membres dans la famille anti-CRISPR à l'aide de la reconstruction de séquences d'ancêtres. (ASR) et méthode de recherche de profil de modèle markov caché (HMM).CRISPR (répétitions palindromiques courtes régulièrement intercalées) -Cas est le système de défense adaptative d'acide nucléique dans les bactéries contre l'élément génétique mobile des plasmides et des virus. Les virus infectant les bactéries, les bactériophages, en réponse, codent pour des protéines appelées protéines anti-CRISPR (Acr's). Ces protéines bloquent et dégradent la protéine Cas, permettant ainsi l'entrée et l'infection des virus. Jusqu'à présent, 48% des eubactéries et 95% des archées ont été identifiées pour contenir CRISPR-Cas, alors que les protéines anti-CRISPR connues, peuvent être comptées sur les doigts, ce qui suggère la présence de nombreuses autres familles de protéines Acr non découvertes et de ses membres. . Par conséquent, l'identification de nouveaux membres de protéines anti-CRISPR et leur relation évolutive avec des familles déjà existantes à l'aide de la reconstruction ancestrale et de la recherche de profil HMM est au centre de cette thèse.