Exploration du virome respiratoire chez les patients intubés ventilés en réanimation

Les infections nosocomiales représentent une priorité de santé publique en Europe, avec 4,3 millions de cas annuels. Parmi les patients en réanimation intubés et ventilés, on observe fréquemment des pneumonies acquises sous ventilation mécanique (PAVM) ainsi que des réactivations virales, principalement d'Herpesvirus. Le projet interdisciplinaire « Host-targeted Approaches for the Prevention and Treatment of Hospital-Acquired Pneumonia » (HAP2) a pour objectif de développer des médicaments et des biomarqueurs afin d’améliorer la prévention et le traitement des PAVM. Ce travail de thèse s’intègre dans un groupe de travail dédié au virome respiratoire, avec des objectifs spécifiques : cartographier le virome respiratoire des patients de réanimation, identifier un biomarqueur viral prédictif du développement des PAVM, étudier la relation entre les PAVM et la charge virale respiratoire des Herpesvirus et Anellovirus, et évaluer l’impact d’un traitementpréventif par IFNγ sur le virome respiratoire et l’apparition des PAVM. Le virome respiratoire de deux cohortes de patients en réanimation (IBIS-Virus et PREVHAP) a été analysé à l’aide de techniques de métagénomique avec enrichissement viral, ainsi que de PCR quantitatives ciblant les Herpesvirus et les Anellovirus. Aucun effet visible du traitement par IFNγ n’a été observé sur la quantification ou l’évolution des Herpesvirus et Anellovirus durant la première semaine. Le virome pulmonaire se compose principalement de bactériophages de la famille des Caudoviricetes et présente une baisse de diversité avant l’apparition des PAVM. La charge virale respiratoire en Anellovirus augmente trois jours après l’admission, juste avant l’apparition de la PAVM, suggérant qu’il pourrait constituer un biomarqueur prédictif de la pneumonie, malgré des résultats contradictoires observés dans le sang.