Etude de virus émergents (Parvoviridae) associés aux gastroentérites au sud-est de la France

La métagénomique et le séquençage haut débit ont révolutionné la découverte de nouveaux virus. L’objectif de ce travail de thèse était d’établir les caractéristiques des nouveaux parvovirus chez les patients du Sud-Est de la France et de développer des outils de génotypage de ces virus par des techniques de PCR en temps réel applicables en laboratoire de routine.L’amplification par PCR d’une portion du gène de la NS1 du bufavirus a permis de déterminer la prévalence relativement élevée de ce virus (3,6%) dans les échantillons de selles au Sud-Est de la France, et de confirmer la présence de son ADN dans le sang. Une mortalité plus élevée a été constatée chez les patients bufavirus positifs (p=0.034) ; ce virus pourrait établir une infection chronique. Les tests PCR ciblant les cutavirus (VP2), les bocavirus (NS1, NP1) et les parvovirus 4 (NS1) ont permis de constater des prévalences respectives de 0.7%, 0.4% et 0% dans les prélèvements de selles.L’analyse bioinformatique des séquences de la VP2 du bufavirus a permis de concevoir trois systèmes de PCR en temps réel ; ceux-ci ont montré que le bufavirus génotype 1 est prédominant dans la population étudiée, suivi par le génotype 3 et le génotype 2. La même approche a été utilisée pour le génotypage des cutavirus. Nous avons évalué les performances du test immunochromatographique Ridaquick Rotavirus/Adenovirus® utilisé en routine au CHU de Marseille. Si les performances pour les rotavirus sont satisfaisantes, l'utilisation d'un test moléculaire devait être recommandé pour l’adénovirus.Nous avons également rédigé une revue de littérature présentant la distribution des pathogènes responsables des gastroentérites en France.