From lipid-mediated molecular interactions to a synergistic antimicrobial activity : a study of PGLa and magainin 2 amphipathic peptides using NMR spectroscopy and in silico molecular dynamics simulations

Des interactions moléculaires médiées par les lipides à une activité antimicrobienne synergique : une étude des peptides amphipathiques PGLa et Mag2 par spectroscopie RMN et simulations de dynamique moléculaire in silico PGLa et magainin 2 sont deux peptides amphiphiles, avec une activité antimicrobienne synergique. Nous avons étudié la structure et la dynamique de ces peptides, ainsi que leurs interactions avec les membranes. Par spectroscopie RMN en phase solide et liquide nous avons obtenu des informations sur la structure de PGLa dans un environnement hydrophobe.Un modèle 3D de PGLa en micelles a été construit, et différentes populations de PGLa en bicouche lipidique on été identifiées. Des simulations de MD ont permis d'étudier l'interaction de PGLa et magainin 2 entre eux et avec avec la membrane. Nous en avons déduis un mode de recrutement de ces peptides, et une forme d’interaction avec elle, en « clusters ». Nous avons aussi trouvé un modèle d’insertion de ces peptides dans la membrane : le « flip », et montré le rôle des lysines de PGLa pour toutes ces actions, et nous avons muté ces résidus en arginine pour comparer d’un point de vue structural, dynamique et antimicrobien.