Gestion durable des maladies du tronc de la vigne dans les vignobles : focalisation sur les Botryosphaeriaceae afin de libérer des micro-organismes bénéfiques et les molécules bénéfiques associées.

La vigne (Vitis vinifera L.) est exposée à une grande variété d'agents phytopathogènes. Dès la pépinière, la vigne peut être infectée par de nombreux pathogènes. Aujourd'hui, les maladies fongiques du bois de la vigne (MDB) comptent parmi les principales responsables de la baisse de productivité de cette culture. La récente prise en compte de l'environnement dans le développement des pratiques de lutte a conduit à réduire fortement les traitements chimiques contre les MDB, laissant les viticulteurs avec peu de traitements efficaces. La priorité est alors donnée au développement d’alternatives durables, via la recherche de microorganismes bénéfiques (MOB) auxiliaires de la vigne, pour développer des produits de biocontrôle (BCA). Une analyse génomique complète a d’abord été réalisée sur le MOB Bacillus subtilis PTA-271, afin de connaître l’étendue de son potentiel prometteur contre les MDB. Les résultats obtenus ont montré un système fonctionnel de mobilité, une forte capacité de survie, et un ensemble de gènes codant pour des molécules bioactives capables de stimuler la croissance des plantes et leurs défenses, mais aussi d’influencer leur microbiote bénéfique et de contrer l'agressivité d‘agents phytopathogènes. Lors de tests complémentaires sur boutures en serre contre Neofusicoccum parvum Bt67 (Np-Bt67), Bacillus subtilis PTA-271 (Bs PTA-271) et Trichoderma atroviride SC1 (Ta SC1) ont montré que le cépage influençait leurs effets bénéfiques contre Np-Bt67. L'application simultanée des deux BCA s’est avérée plus efficace pour protéger les boutures de Tempranillo. L'analyse transcriptomique des mêmes échantillons a par ailleurs montré des réponses physiologiques de la vigne, induites par la pathogène, mais aussi par chaque MOB protecteur contre Np-Bt67, Bs PTA-271 pour le Chardonnay et Ta SC1 pour Tempranillo. Chez Tempranillo, l'infection par Np-Bt67 entraîne des changements plus substantiels d'expression de gènes, liés principalement à l'importation d'acides aminés, aux activités chloroplastiques et des photosystèmes, aux réponses des plantes aux stress biotiques, et à la synthèse de métabolites secondaires. La protection induite par Bs PTA-271 chez Chardonnay cible des gènes liés à la synthèse de l'ABA, à la voie des phénylpropanoïdes et des métabolites secondaires, et à la structure et l’organisation de la paroi cellulaire en lien avec le métabolisme des glucides qui mérite désormais plus d’attention. La protection induite par Ta SC1 aux boutures de Tempranilllo implique un plus grand nombre de changements qui sollicitent à la fois des transporteurs, l'intégrité et l'extension de la paroi cellulaire, la division cellulaire versus la mort cellulaire provoquée par les agents pathogènes, des protéines actives aux effets multidirectionnels, et des interactions avec le microbiome. Lors des essais en pépinière, les résultats obtenus ont montré une réduction significative du pourcentage de plants infectés par les pathogènes responsables du dépérissement à Botryosphaeria et de la maladie du pied noir, lors des traitements avec Ta SC1 et Bs PTA-271 respectivement. Les traitements simultanés avec les deux MOB ont montré une réduction des plants infectés par l’ensemble des pathogènes, qu’ils soient responsables du dépérissement à Botryosphaeria ou de la maladie du pied noir. En testant l'effet de Bs PTA-271 et Ta SC1 dans le microbiome de la rhizosphère de la vigne de deux sols différents infectés par les pathogènes du pied noir, les résultats montrent que l'inoculation de BCAs semble améliorer les réseaux de microbiome de la rhizosphère et l'état d'assainissement, cependant, l'effet bénéfique des BCAs peut être dépendant du sol. Dans l'ensemble, cette étude a apporté de nouvelles connaissances sur l'utilisation d'un ou plusieurs MOB contre plusieurs pathogènes responsables des MDB, de la pépinière à la vigne adulte. De plus, elle a mis en évidence le mode d'action des deux MOB dans la protection de la vigne.