Diagnose moléculaire des dermatophytes et applications épidémiologiques en médecine vétérinaire

Les dermatophytoses sont les mycoses les plus fréquentes de la peau et des phanères chez l’homme et les animaux et sont fortement zoonotiques. Le diagnostic actuel en médecine vétérinaire repose sur un examen direct peu sensible et une culture fongique d’interprétation parfois délicate et de délai variable. Des techniques de biologie moléculaire ont été développées en médecine humaine avec pour avantage une identification rapide et précise mais uniquement d’un nombre limité d’espèces. Dans ce contexte, nous avons étudié l’apport d’une technique de PCR-TRFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) en médecine vétérinaire, et ses applications potentielles au diagnostic et à l’épidémiologie des dermatophytoses. Cette technique ciblant la région ITS-28S de l’ADN ribosomique a été mise au point pour la détection et l’identification directe, à partir de prélèvements cliniques, des différentes espèces de dermatophytes rencontrées chez l’animal. Elle s’est révélée sensible et hautement spécifique, y compris en présence des contaminants usuels des cultures. La PCR-TRFLP a ensuite été combinée à la culture dans une approche épidémiologique visant à déterminer la prévalence et les caractéristiques des dermatophytes chez le hérisson (Erinaceus europaeus). Cette étude a montré que les hérissons sont assez fréquemment porteurs de dermatophytes (7 espèces identifiées, dont une seulement par culture), essentiellement en automne, et de façon asymptomatique. Dans une dernière partie, la technique a été appliquée à l’étude d’un Trichophyton isolé chez les cochons d’Inde (Cavia porcellus). Morphologiquement proche de T. erinacei et initialement proposé T. mentagrophytes var. porcellae, il n’est actuellement pas reconnu comme espèce et considéré simplement comme un phénotype jaune de T. benhamiae. Aucune étude comparative n’ayant jamais été publiée sur ces souches dites T. porcellae, la PCR-TRFLP a été associée à une approche comparative morphologique, colorimétrique et génomique de souches de T. porcellae, T. erinacei et T. benhamiae (phénotypes jaune et blanc) afin d’essayer de préciser le positionnement de ce dermatophyte : variété de T. benhamiae ou espèce à part entière ? L’étude phénotypique a montré que T. porcellae est proche du phénotype jaune de T. benhamiae, mais distinct de T. erinacei et du phénotype blanc de T. benhamiae. De même, la comparaison du génome de ces souches avec celui de diverses espèces de dermatophytes a confirmé ces différences phénotypiques : T. porcellae est superposable au phénotype jaune de T. benhamiae, et tous deux présentent des différences importantes avec le phénotype blanc de T. benhamiae, confirmant ainsi l’originalité de ce dermatophyte. Un statut d’espèce est proposé.