Epistemic roles of omics in molecular biology

Rôles épistémiques des omiques en biologie moléculaire Les omiques sont des technologies à haut débit conçues pour étudier des classes entières de biomolécules dans un échantillon (par exemple, en génomique, le génome entier). Elles se sont développées dans tous les domaines de la biologie moléculaire au début du XXIème siècle, et ont suscité de nombreux débats parmi les biologistes et les philosophes des sciences. En philosophie des sciences, les projets à grande échelle impliquant les omiques font l'objet de nombreuses recherches. En revanche, l'intégration des omiques dans l'organisation typique des laboratoires de biologie moléculaire, les « small labs » de Karin Knorr Cetina, est moins étudiée. L'objectif général de cette thèse est d'étudier les rôles épistémiques des omiques dans les « small labs ». Le premier objectif de ma thèse est d'évaluer comment les approches omiques sont perçues par les biologistes. Pour cela, j'ai d'abord analysé un corpus d'articles d'opinion écrits par des biologistes. Cette analyse a montré une association claire entre la biologie traditionnelle et le raisonnement guidé par des hypothèses (« hypothesis-driven »), d'une part, et les approches omiques et le raisonnement guidé par les données («data-driven »), d'autre part. Cependant, cette analyse d'articles d'opinion a ses limites et ne donne pas un aperçu représentatif des opinions de la communauté scientifique sur les approches omiques. Pour compléter cette étude, j'ai donc réalisé des entretiens semi-structurés afin de recueillir les perceptions de chercheurs sur le développement des approches omiques. Les participants pensent généralement que le développement des approches omiques a provoqué des bouleversements en biologie moléculaire, tant dans les pratiques que dans le raisonnement scientifique. Pour y faire face, ils ont principalement recours à deux stratégies. La première consiste à encourager les vertus épistémiques et la seconde à comprendre le rôle épistémique des données omiques pour les intégrer dans leur méthode scientifique habituelle. Dans ce travail, je me concentre sur cette seconde stratégie. L'une de ses caractéristiques principales est qu'elle implique une hybridation entre les omiques et la biologie moléculaire traditionnelle. Cette hybridation, que j'appelle l'approche "gène candidat" omique (en anglais, « Omic Candidate Approach », abrégée OCA), a déjà été conceptualisée par les philosophes des sciences. En utilisant comme étude de cas le projet de recherche en biologie auquel j'ai participé dans un laboratoire de biologie moléculaire, je montre que l'hybridation entre les omiques et la biologie moléculaire traditionnelle peut prendre d'autres formes que l'OCA. Cela montre que les données omiques peuvent être utilisées de manières diverses, ce que j'aborde également dans ce travail. Je propose ensuite un cadre conceptuel pour décrire l'expérimentation dans les laboratoires de biologie moléculaire et la manière dont les expériences sont articulées pour parvenir à l'élaboration d'explications mécanistiques. Je montre que les expériences impliquant des omiques peuvent également rentrer dans ce cadre, et donc que, dans les laboratoires de biologie moléculaire, les omiques sont utilisées comme un élément parmi d'autres dans la construction d'explications mécanistiques. Dans l'ensemble, en plus de mettre en lumière les rôles épistémiques des omiques dans les « small labs » de biologie moléculaire, ce travail propose donc également une alternative aux conceptualisations des omiques axées sur leurs différences avec la biologie moléculaire traditionnelle.