Apport de l'ADN circulant tumoral dans les cancers digestifs

La cancérologie est une spécialité en constante évolution avec le développement de la médecine personnalisée, ce qui nécessite de définir des biomarqueurs pronostiques et/ou prédictifs fiables et reproductibles de réponse à un traitement donné. Actuellement la recherche d’anomalies moléculaires se fait quasi exclusivement au niveau tumoral, or il est maintenant connu que les tumeurs relarguent de l’ADN circulant tumoral (ADNct), « dilué » dans l’ADN total (ADN cell free (ADNcf)). Aujourd’hui seules quelques indications d’analyses sur ADNct sont validées et remboursées en raison de conditions pré-analytiques et de techniques d’analyses très hétérogènes. Dans le cadre de ma Thèse de Sciences j’ai évalué l’ADNct comme biomarqueur prédictif dans les adénocarcinomes pancréatiques (AP) et pour le diagnostic et le suivi de l’instabilité microsatellitaire (MSI) dans les cancers colorectaux (CCR). Mon premier travail porte sur l’étude de l’ADNct et de l’ADNcf comme marqueur prédictif de réponse à la chimiothérapie (CT) de 1ère ligne chez les patients atteints d’un adénocarcinome pancréatique (AP) non résécable (étude KRASCIPANC). Pour ce cancer de mauvais pronostic, il est urgent de trouver un biomarqueur prédictif de réponse à la CT. Dans ce travail incluant 69 patients j’ai définis un score combiné associant ADNcf initial et ADNct muté KRAS à J28, hautement prédictif de réponse au traitement. Ce score combiné nécessite d’être validé sur une cohorte plus large pour ensuite développer une étude prospective de phase II avec changement précoce de CT guidé par l’ADNct. Dans la deuxième partie de ma Thèse je me suis intéressée aux cancers colorectaux avec une instabilité microsatellitaire (CCR MSI) dont la prise en charge thérapeutique est en pleine révolution avec l’efficacité majeure de l’immunothérapie (IO) dont la prescription est sous-tendue par la détermination du phénotype MSI. La réalisation de cette analyse par la technique de séquençage haut débit (Next Generation Sequencing, NGS) est importante afin de pouvoir la réaliser dans une approche « tout en un » en concomitance avec la recherche de mutation des gènes d’intérêt. Nous avons sélectionné puis testé en NGS un octaplex de microsatellites (CaBio) avec le pipeline bio-informatique MSI Detection (MSID) sur 391 tumeurs en se comparant aux 2 techniques de référence. Nous avons ainsi mis en place un test de phénotypage de MSI en NGS, l’octaplex CaBio-MSID, qui a une sensibilité de 98,4% et une spécificité de 98,4% pour les CCR.Enfin le troisième travail présenté est encore en cours et utilise l’octaplex CaBio-MSID et l’analyse en ddPCR des microsatellites du Pentaplex sur ADNct dans une population prise en charge pour un CCR MSI. Les résultats préliminaires portant sur 80 prélèvements de 31 patients ont permis de retrouver une sensibilité et une spécificité de la ddPCR-MSI respectivement de 100% et 81,8%, ces valeurs étaient de 90,9% et 100% pour la technique CaBio-MSID. La quantité d’instabilité reflétée par la fréquence allélique de MONO-27 instable semble corrélée à la réponse tumorale avec 79,2% d’ADNct-MSI détecté en ddPCR dans le groupe de patients en progression tumorale contre 50% avec la technique octaplex CaBio-MSID. Ces résultats sont à interpréter avec précautions en raison de leur caractère préliminaire, de la population faible et de plusieurs biais techniques. Ces travaux confirment l’intérêt clinique de l’ADNct dans les cancers digestifs pour déterminer en amont des évaluations radiologiques standards la réponse au traitement. Malgré les progrès des techniques de biologie moléculaire, la principale limite des travaux sur l’ADNct reste la sensibilité de détection qui mérite d’être améliorée avec également la nécessité de standardiser les techniques d’analyses sur de larges séries. Plus important encore il faut démontrer l’impact clinique de l’ADNct dans des essais prospectifs randomisés d’adaptation thérapeutique en fonction de la cinétique de l’ADNct.