Étude génomique du genre Malassezia et des mycovirus associés

La révolution en cours dans le domaine de la génomique ouvre la voie à des avancées majeures dans notre compréhension de la biologie et de l'évolution génétique. L’objectif de ce présent manuscrit consiste à explorer de manière approfondie deux axes de recherche dans le domaine de la mycologie et de la génomique. Notre travail s'articule autour de l’identification et la caractérisation des mycovirus infectant les levures du genre Malassezia, ainsi que de la description du pan-génome des levures Malassezia, dans le but d’apporter une contribution significative à la compréhension de leur rôle en santé humaine.Le premier axe de recherche visa à étudier les mycovirus associés aux levures du genre Malassezia. Tout d'abord, nous avons réalisé une revue de littérature scientifique répertoriant les différentes méthodes, les plus récentes et les plus pertinentes, utilisées pour détecter et la caractériser les mycovirus. Afin d’explorer la diversité des mycovirus associés au genre Malassezia, nous avons, dans un deuxième temps, effectué une analyse in silico du mycovirome en utilisant les données de séquençage de transcriptomes de différentes espèces de Malassezia disponibles dans les bases de données. Au moyen d’un pipeline bioinformatique dédié que nous avons développé, nous avons identifié trois nouvelles signatures potentielles de Totiviridae dans les transcriptomes de M. globosa et de M. restricta, deux espèces de levures parmi les plus abondantes du mycobiome de la peau humaine. Nous avons précisé leur classification taxonomique par une approche phylogénétique. En parallèle, nous avons mené une étude épidémiologique qui consistait à screener des échantillons cliniques analysés au Laboratoire de Mycologie de l’AP-HM. Nous avons désigné des amorces spécifiques ciblant les séquences de mycovirus associés à Malassezia identifiés par nous ou dans des études antérieures. Nous avons utilisé la technique de "RNase assay" sur des extraits d’ARN totaux, pour détecter d'éventuels nouveaux virus. Cette approche globale nous a permis de détecter à la fois des variants connus et de nouveaux mycovirus potentiels dans les souches de levures que nous avons analysées, enrichissant ainsi notre connaissance de la diversité des virus infectant ces levures.À ce jour, il existe très peu d’études comparatives basées sur le pan-génome des espèces du genre Malassezia, ce qui laisse un vaste territoire d'exploration pour une meilleure compréhension de la diversité génomique au sein de ce groupe. Dans un deuxième axe, nous avons caractérisé les core- et pan-génomes de l'ensemble des génomes des levures du genre Malassezia disponibles à ce jour. À travers une analyse rigoureuse, nous avons déterminé les caractéristiques génétiques communes et la variabilité génomique entre les différentes souches analysées. Cette étude génomique constitue une ressource précieuse pour les futures investigations visant à mieux comprendre le rôle des espèces de Malassezia dans les maladies cutanées et l'homéostasie de la peau, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives pour la recherche médicale.L’ensemble de ces travaux constituent une contribution significative vers une meilleure connaissance des mycovirus associés au genre Malassezia et à la caractérisation du pan-génome de ces levures. Nos résultats ouvrent la voie à de nouvelles avancées vers une meilleure compréhension du rôle de ces levures dans les maladies qu’elles causent, ainsi que dans la dysbiose ou le maintien de l’homéostasie des communautés microbiennes de la peau. La poursuite des recherches sur les interactions complexes de ces virus avec Malassezia devrait fournir des clés pour la connaissance de la biologie de ces virus et l'impact réel qu'ils peuvent avoir sur leur hôte, dans la perspective de les utiliser pour le biocontrôle des maladies dans lesquelles leurs levures hôtes sont impliquées.