Impacts évolutifs de l'urbanisation chez la mésange charbonnière : du phénotype aux (épi)génomes

L’urbanisation est un phénomène mondial convertissant des milieux naturels en milieux artificialisés. Les zones urbaines constituent un nouvel environnement majoritairement façonné par l’homme avec des conditions environnementales inédites pouvant directement impacter les espèces vivant en milieu urbain ainsi que leurs trajectoires évolutives. A l’heure actuelle, les processus évolutifs associés au milieu urbain sont peu connus bien qu’ils déterminent l’histoire passée, présente et future des espèces concernées. Ainsi, l’objectif de cette thèse est d’étudier l’impact de la vie urbaine sur les espèces sauvages et de comprendre si et comment les espèces s’adaptent à ce nouvel environnement. A travers l’étude de populations de mésanges charbonnières (Parus major) urbaine et forestière du sud de la France (Montpellier) ce travail explore dans un premier temps les différences phénotypiques associées au milieu urbain et met en évidence l’existence d’un phénotype urbain caractérisé par une taille réduite, des pontes précoces et réduites, un comportement plus exploratoire et plus agressif ainsi qu’une réponse accrue au stress. Dans un second temps, des analyses de sélection indiquent que ces différences phénotypiques ne résultent pas de nouvelles pressions de sélection associées au milieu urbain et ne sont pas adaptatives. Dans un troisième temps, une approche (épi)génomique dans trois villes (Montpellier, Barcelone et Varsovie) révèle l’existence de traces de sélection dans les génomes ainsi que de régions différentiellement méthylées en milieu urbain, mais peu de parallélisme entre villes. Parmi ces marqueurs (épi)génomiques, nombreux se révèlent associés à des gènes ayant des fonctions impliquées notamment dans le système nerveux, l’immunité, les processus hormonaux ainsi que le comportement, suggérant le potentiel rôle majeur de ces fonctions dans l’adaptation face aux conditions urbaines. Enfin, après avoir proposé une feuille de route pour tout écologue voulant étudier l’adaptation au milieu urbain, ce travail souligne certains points importants à aborder et approfondir dans le domaine, pour construire une compréhension plus vaste et détaillée de l’évolution biologique en milieu urbain.