Diversité des bactéries halophiles dans l'écosystème fromager et étude de leurs impacts fonctionnels

Les bactéries halophiles et halotolérantes sont généralement isolées dans des environnements naturels, bien qu'elles soient également présentes dans les aliments, comme les croûtes de fromage et les fruits de mer. Cependant, les études sur leurs fonctions écologiques et technologiques dans le fromage sont encore peu développées. Afin de combler le manque de données dans la littérature sur ce sujet, nous avons utilisé des approches culturales, génomiques et métagénomiques pour déconstruire ces écosystèmes dans les croûtes de fromages. L’approche culturale, assistée par le développement de stratégies ciblées pour faciliter l’isolement des espèces sous-dominantes, nous a permis d'isoler des représentants de 28 espèces, dont quatre nouvelles espèces d’Halomonas et deux de Psychrobacter. À partir d’un mapping avec les génomes des espèces halophiles disponibles comme références sur plus de 100 métagénomes de croûtes de fromages, nous avons montré que les gamma-protéobactéries, principalement des genres Halomonas, Psychrobacter et Pseudoalteromonas, sont abondantes dans une grande variété de fromages à pâte molle et croûte lavée. Comme ce fait suggère que ces microorganismes pourraient exercer un rôle technologique dans les aliments, nous avons évalué, en parallèle avec des souches issues d’autres environnements, leurs capacités à produire des composés aromatiques et des pigments dans un modèle de fromage synthétique. Ces expériences ont montré que ces gamma-protéobactéries pourraient avoir un impact technologique en plus de leur rôle écologique. Les résultats obtenus dans ce travail devraient stimuler le développement d’études fonctionnelles de cette flore tolérante au sel dans l’écosystème fromager.