Exploration pangénomique des effets épigénétiques et transcriptomiques liés aux techniques d’assistance médicale à la procréation

Des millions d'enfants sont nés à travers le monde grâce aux techniques d'assistance médicale à la procréation (AMP) dont l'innocuité n'a pas été totalement démontrée à ce jour. Ces techniques concomitantes à la reprogrammation épigénétique pourraient être en lien avec certaines des complications observées après AMP telles les pathologies liées à l'empreinte. Les expérimentions animales ont démontré que ces méthodes pouvaient avoir un impact sur la régulation épigénétique de gènes majeurs pour le développement du conceptus mais chez l'homme cela reste largement inconnu.Nous nous proposons d'étudier les interactions entre les gamètes et l’embryon avec le milieu in vitro (vitrification des ovocytes, composition du milieu de culture embryonnaire) chez l’humain par une approche transcriptomique (single-oocyte et single-embryo RNA-seq). Par ailleurs, une analyse critique de la littérature sur les altérations transcriptomiques des ovocytes induites par l’AMP a permis d’identifier des mécanismes biologiques communs par lesquels différentes techniques d’AMP modifient le transcriptome ovocytaire et sa régulation épigénétique.Ensuite, nous aborderons les conséquences à court et à long terme des techniques d’AMP sur l’ensemble du profil épigénétique chez l’humain sur trois périodes clés du développement, à savoir en phase pré-implantatoire, immédiatement à la naissance puis durant l’enfance. A cette fin nous avons réalisé une revue systématique et méta-analyse ayant comme thématique le suivi des profils de la méthylation de l’ADN chez les enfants conçus par AMP. Pour compléter ces données, nous avons mesuré les profils de méthylation chez une cohorte d’enfants de 7-8 ans conçus par FIV/ICSI à l’aide de puces EPIC (Illumina).De façon générale, la majorité des interventions en AMP sont susceptibles de d’interférer sur la reprogrammation épigénétique des gamètes et embryons. Les faibles taux de réussite en AMP et surtout leur variabilité inter-clinique pourraient être un témoin qu’aujourd’hui, les modifications épigénétiques (dans les lignées germinales ou chez l’embryon) et leurs conséquences sur l’échec d’une tentative d’AMP ne sont pas assez prises en compte dans les pratiques actuelles. Dans le prolongement de cette thèse, des protocoles d’AMP plus sûrs sont nécessaires et la recherche doit aller en ce sens.