Molecular and Morphological Systematics of Phyllostomid Bats : Insights from complete mitochondrial genomes

Systématique moléculaire et morphologique des chauves-souris Phyllostomidae : aperçus à partir des génomes mitochondriaux complets Cette thèse explore la systématique moléculaire et morphologique des chauves-souris Phyllostomidées, utilisant des génomes mitochondriaux complets pour éclairer les relations évolutives, le statut taxonomique et la spéciation cryptique au sein de cette famille diverse. Dans le premier chapitre, je présente une phylogénie révisée des Phyllostomidae basée sur des génomes mitochondriaux complets de 26 espèces, dont 23 ont été nouvellement séquencées pour cette étude. Grâce à une analyse minutieuse, j'ai établi un cadre évolutif robuste qui clarifie les relations auparavant incertaines parmi les sous-familles, notamment celles des Lonchorhininae et des Macrotinae. Ce travail pose les bases pour une classification plus précise au sein de la famille. Le deuxième chapitre se concentre sur le genre Trachops, réévaluant son statut taxonomique à travers une approche intégrée combinant des données morphologiques, morphométriques et moléculaires. Nos découvertes suggèrent l'élévation de T. cirrhosus ehrhardti au rang d'espèce, reconnaissant sa distinction génétique et morphologique dans le sud-est du Brésil. En plus, je ne trouve aucun soutien pour maintenir T. c. coffini comme une sous-espèce distincte. Le genre Trachops comprendrait alors deux espèces monotypiques, T. cirrohosus et T. ehrhardti. Le troisième chapitre enquête sur la biodiversité et la spéciation cryptique potentielle au sein des genres Phylloderma et Macrophyllum, avec un accent particulier sur la révélation d'une nouvelle espèce cryptique d'Amérique centrale. Les analyses complètes indiquent la présence de deux clades fortement soutenus au sein de Phylloderma stenops et Macrophyllum macrophyllum, menant à la proposition d'élever la population d'Amérique centrale du Nord de Phylloderma, P. s. septentrionalis, au rang d'espèce, et l'introduction de Macrophyllum sp. nov., une nouvelle espèce endémique de la région. Cette thèse souligne la complexité de la diversité des chauves-souris Phyllostomidées et le rôle crucial des analyses moléculaires et morphologiques intégrées pour découvrir la diversité cachée. Cette contribution fournit une compréhension plus claire des processus de spéciation chez les chauves-souris tropicales, soulignant l'importance d'une classification taxonomique précise pour des stratégies de conservation efficaces.