Antimikrobiyal ve Antikanser Aktiviteye Sahip Cyclo(Trp-Trp) Dipeptidinin 3-Boyutlu Moleküler Yapısı

Antimikrobiyal ve antikanser gibi önemli biyolojik aktivitelere sahip olan Cyclo(Trp-Trp) dipeptidinin (C₂₂H₂₀N₄O₂) en düşük enerjili moleküler geometrisi, teorik konformasyon analizi hesabını takiben yapılan Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi hesaplamalarıyla belirlenmiştir. İlk olarak Ramachandran haritaları ve yan zincir dihedral açıları (χ) katkısıyla yapılan konformasyon analizi ile dipeptide ait en olası moleküler geometriler belirlenmiş, bunlar içerisinden en düşük enerjili sekiz konformasyona ait dihedral açılar konformasyon analizi öncesi ve sonrası olmak üzere karşılaştırmalı olarak verilmiştir. Bu konformasyonlara ait toplam enerji ve toplam enerjiye katkı veren van der Waals, elektrostatik, hidrojen ve torsiyon enerjileri hesaplanmıştır. Bu sekiz konformasyon içerisinden en düşük enerjili konformer, Gaussian03 programına başlangıç verisi olarak tanıtılmış ve DFT/B3LYP/6-31++G(d,p) teori seviyesinde optimize edilmiştir. Ayrıca teorik konformasyon analizi sonucunda bulunan en düşük enerjili konformer ile optimize moleküler geometri karşılaştırmalı olarak verilerek dihedral açılardaki değişimler belirlenmiştir.