Fluorescent reporters of protein-protein interactions optimized by orthology-based protein engineering

Optimisation de rapporteurs fluorescents d'interactions protéine-protéine par ingénierie des protéines à l'aide de protéines orthologues Les interactions protéine-protéine peuvent être détectées par la complémentation spécifique de rapporteurs fluorescents composés de deux fragments complémentaires qui se réassemblent en un rapporteur fluorescent fonctionnel lorsqu'ils sont à proximité. Notre laboratoire a développé précédemment splitFAST, un rapporteur chimiogénétique prometteur à complémentation rapide et réversible, permettant le suivi d'interactions protéine-protéine dynamiques. Dans ce travail de thèse, nous présentons l'ingénierie de RspA-splitFAST, un rapporteur d’interaction protéine-protéine amélioré présentant une brillance plus élevée, une auto-complémentation plus faible et une gamme dynamique plus élevée pour une détection optimale de ces intéractions. Nous avons utilisé une stratégie originale d'ingénierie des protéines qui exploite la diversité des séquences trouvées dans les protéines avec une relation d'orthologie pour générer des rapporteurs fragmentés avec diverses propriétés dynamiques tout en conservant leur fonctionnement global. Notre étude a permis d'identifier un système aux propriétés améliorées et de mieux comprendre les caractéristiques moléculaires contrôlant les propriétés de complémentation. En raison de la rapidité et de la réversibilité de sa complémentation, de sa faible auto-complémentation, de sa gamme dynamique élevée et de sa brillance améliorée, RspA-splitFAST présente des propriétés idéales pour étudier les interactions protéine-protéine avec une résolution spatiale et temporelle élevée, ce qui ouvre de grandes perspectives pour comprendre le rôle des interactions protéine-protéine dans divers contextes biologiques.