Etude des résistances aux inhibiteurs d’ALK dans les LAGC ALK+

Les Lymphomes Anaplasiques à Grandes Cellules ALK+ (LAGC ALK+) sont des lymphomes non hodgkiniens (LNH) à cellules T matures rares affectant préférentiellement les enfants et les adultes jeunes. Ils sont caractérisés sur le plan moléculaire par la présence d’un réarrangement du gène ALK entrainant l’activation de nombreuses voies de signalisation comme les voies JAK/STAT, PI3K/AKT, ERK. Ces voies provoquent une augmentation de la prolifération cellulaire ainsi qu’une inhibition de l’apoptose. Les traitements de première ligne reposant sur des combinaisons de chimiothérapie entrainent des taux de réponse élevés chez la plupart des patients. Toutefois, près de 30% des patients échapperont à ce traitement de première ligne. Parmi les traitements de deuxième ligne disponibles, de nombreuses études se sont intéressées aux inhibiteurs d’ALK (ALKi). Initialement développés pour le traitement des cancers bronchiques non à petites cellules (CBNPC) avec réarrangement ALK, de très bons résultats ont également été obtenus dans les LAGC ALK+. Ainsi, il a été démontré que le crizotinib induit des taux de réponse élevés, jusqu’à 90%. Néanmoins et contrairement à ce qui est observé dans les CBPNC où les résistances sont majoritairement secondaires après une réponse de longue durée, dans les LAGC ALK+, jusqu’à 30% des patients traités seront résistants primaires aux ALKi et progresseront en moins de trois mois après le début du traitement. L’objectif de ce travail est d’étudier les résistances aux ALKi chez les patients atteints de LAGC ALK+. La première partie de ce travail a été consacrée à l’étude des résistances primaires aux ALKi des LAGC ALK+. Pour cela nous avons centralisé 60 échantillons conservés en paraffine (FFPE) venant de 40 patients traités dans différents centres en France parmi lesquels 7 ont présenté une résistance primaire à un ALKi. Nous avons comparé les résultats de séquençage d’exome (WES) et de transcriptome (RNAseq) des patients répondeurs contre ceux ayant présenté une résistance primaire. Cette approche nous a permis de mettre en évidence une surexpression du gène STAT3 dans les prélèvements FFPE faits au diagnostic des patients ayant présenté une résistance primaire. Dans la deuxième partie de ce travail nous démontrons pour la première fois l’intérêt de l’ADN tumoral circulant (ctDNA) dans l’étude des résistances aux ALKi dans les LAGC ALK+. Nous avons collecté 80 échantillons plasmatiques venant de 23 patients suivis dans différents centres en France. En utilisant le séquençage haut débit (NGS) appliqué à un large panel de 500 gènes (CGP) et à un génome à faible profondeur (shWGS) nous avons pu mettre en évidence du ctDNA chez 70% des patients LAGC ALK+. L’utilisation du CGP a également permis d’identifier la mutation de résistance secondaire au crizotinib ALK :p.(PheF1174Leu) déjà décrite dans des neuroblastomes et des CBNPC. Nous avons également utilisé le CGP pour déterminer avec précision le point de cassure génomique du réarrangement ALK propre à chaque patient. Par une approche de ddPCR ciblant ce point de cassure nous avons pu étudier la maladie moléculaire résiduelle à partir du ctDNA. L’ensemble de ces résultats permettent de mieux comprendre les résistances aussi bien primaires que secondaires aux ALKi dans les LAGC ALK+. Ils mettent également en évidence l’intérêt de l’utilisation du ctDNA dans cette pathologie.