Porównanie metod identyfikacji bakterii Lactobacillus

Szerokie zastosowanie bakterii kwasu mlekowego (LAB) w różnych gałęziach przemysłu spożywczego, w biotechnologii i w medycynie powoduje, że właściwa identyfikacja i ocena ich zróżnicowania wewnątrzgatunkowego jest bardzo istotna. Dobór odpowiednich technik molekularnych analizy powinien uwzględniać dużą dokładność, powtarzalności i typowalność metody. Celem pracy była ocena możliwości różnicowania 12 szczepów Lactobacillus przy użyciu metod powszechnie stosowanych w laboratoriach: sekwencjonowania genu 16S rDNA, genu pheS oraz MALDI-TOF MS. Na podstawie otrzymanych wyników analiz stwierdzono, że gen pheS w badanych szczepach charakteryzował się wysokim poziomem homologii (98 %) i niską siłą dyskryminacyjną. W dwóch niezależnych analizach MALDI-TOF MS uzyskano taki sam wynik dla 10 szczepów: siedmiu – L. brevis (DSM 6235, 102, 103, 489, 863, 975, 3/16/1), dwóch – L. plantarum (1178, 133) i jednego – L. curvatus 557. Po przeprowadzeniu analizy sekwencjonowania genu 16S rDNA wyniki potwierdziły się natomiast tylko w odniesieniu do pięciu szczepów (DSM 6235, 3/16/1 i 489) z dwunastu przebadanych. Porównanie wyników było podstawą do wnioskowania, że dla wybranych szczepów LAB największą wartość różnicującą miała analiza bazująca na sekwencjonowaniu genu 16S rDNA.