Répertoire des mycobactéries non-tuberculeuses en milieu tropical.

Dans la famille des mycobacteriacea, les mycobactéries non-tuberculeuses (MNT) forment un ensemble distinct du complexe Mycobacterium tuberculosis et du complexe Mycobacterium leprae. Au cours de cette thèse, nous avons inventorié ces mycobactéries en zone tropicale et avons augmenté et comparé leur répertoire en travaillant sur la Polynésie française et l’Afrique de l’Ouest à laquelle appartient la République de Guinée d’où nous sommes originaire. En Afrique de l’Ouest, ce répertoire est dominé par Mycobacterium ulcerans (M. ulcerans) responsable de l’ulcère de Buruli. Notre revue de la littérature sur les interactions entre M. ulcerans et les animaux en Afrique de l’Ouest a répertorié les animaux sources possibles d’infection pour les populations. Nous avons observé que les herbivores (incluant les omnivores) représentaient 7/19 de ces animaux (36.84%). C’est pourquoi nous avons ensuite investigué par métagénomique la rhizosphère de 35 plantes collectées en Côte d’Ivoire, après déglycosylation. Le résultat du séquençage métagénomique a révélé que la racine de l’echantillon 111 appartenant à la plante Fimbristylis quinquangularis était associée à trois reads de M. ulcerans de 829 bp. Nous avons observé une plus grande diversité de microorganismes dans la rhizosphère des plantes associées à M. ulcerans que dans celles négatives pour M. ulcerans. En effet, ces résultats corroborent le rôle de la rhizosphère comme réservoir de M. ulcerans et sources de contamination possible des herbivores. Corrélant en Guinée les notifications d’ulcère de Buruli avec les données émanant du Ministère des Mines, nous avons mis en relief le rôle de l’orpaillage dans la prépondérance de ces ulcères : en intégrant la cartographie de la localisation de l’or et celle de la prévalence des ulcères chroniques par district sanitaire, nous avons démontré que la prévalence des ulcères chroniques était significativement plus élevée dans les zones d’orpaillage que dans celles de non-orpaillage. Aussi, la comparaison des zones aurifères ne pratiquant pas l’orpaillage et celles non-aurifères a démontré l’absence de toute corrélation entre les ulcères chroniques et l’or en lui-même, nous permettant de conclure que c’est bien l’activité d’orpaillage et non pas l’or, qui constitue le facteur de risque d’ulcère de Buruli ; que nous interprétons par l’absence ou la non-utilisation des équipements de protection au cours des activités extractives de l’or ; exposant directement les orpailleurs à un environnement contaminé par M. ulcerans, en particulier aux racines de certaines plantes démasquées par le creusement du sol. Dans une autre région tropicale, la Polynésie française, M. ulcerans n’a jamais été rapporté bien que ce territoire partage des similitudes climatiques avec l’Afrique de l’Ouest. En Polynésie française, nous avons décrit Mycobacterium angelicum isolé au cours d’une infection urinaire, cette espèce du complexe Mycobacterium szulgai ayant été initialement isolée de Pterophyllum scalare, poisson d’eau douce en Slovénie et au Japon après avoir été détectée par Davies dans les poumons d’un malade en Irlande. Également, nous y avons rapporté Mycobacterium polynensis, une nouvelle espèce de mycobactérie du complexe de Mycobacterium terrae isolée des secrétions pulmonaires d’un malade en Tahiti (Polynésie française). En comparant le répertoire des MNT en Afrique de l’Ouest et en Polynésie, nous avons observé une diversité en Afrique de l’Ouest avec 39 espèces contre 10 espèces dont quatre en commun. En effet, l’Afrique de l’Ouest dispose des écosystèmes riches et plus diversifiés que la Polynésie française. Notre inventaire non exhaustif a rapporté près de 5.000 espèces d’animaux et 4.396 espèces végétales endémiques pour l’Afrique de l’Ouest, tandis que nous n’avons compté que 1.347 espèces animales et 900 espèces végétales pour la Polynésie française dont la majorité est exotique. Ces points sont discutés dans notre thèse.