Termites champignonnistes, leur microbiote et leur impact

Les termites sont des insectes eusociaux principalement abondants en Afrique. Ils sontaussi d’importants ingénieurs de l'écosystème. Ces insectes extraordinaires fascinent depuislongtemps les biologistes et les chercheurs en raison de leur mode de vie social unique, deleur polyphénisme de caste, de leurs symbioses et de leur écologie. Ils ont historiquementservi de ressources naturelles précieuse dans divers domaines, notamment dans la médecinetraditionnelle, mais aussi comme ressources alimentaires chez l’homme et chez les animauxsauvages et d’élevage. Il est important de constater que les termites supérieurs (termites champignonnistes) entretiennent une relation symbiotique obligatoire et remarquable avecles champignons du genre Termitomyces établie depuis des millions d'années. Les nodules dece champignon cultivé par les termites dans les meules fongiques de la termitière, constituent une source de nourriture pour les membres de la colonie. Selon des études ethnographiques et scientifiques, les meules fongiques présenteraient aussi des propriétés antimicrobiennes.Le microbiote des termites joue un rôle capital dans leur physiologie et leurcomportement. Les tréponèmes du tractus intestinal des termites ont notamment un rôleprincipal dans la digestion de lignocellulose. Cependant, actuellement, les données sur lesspirochètes du genre Treponema restent encore très rares, leur culture in vitro étantfastidieuse.Dans a première partie de notre thèse, une revue intitulée “Les termites : ravageurs,ingénieurs ou bienfaiteurs ?” donne un aperçu détaillé sur l’importance des termites et de leur environnement, termitières et produits dérivés tels que les champignons Termitomyces àtravers différents endroits du monde, et ce malgré parfois le rôle de ravageur de ces termites.Dans la deuxième partie, nous avons évalué in vitro les propriétés antimicrobiennesdes extraits bruts de meules fongiques provenant de monticules de termites du Sénégal surune série de micro-organismes d'origine clinique, y compris des bactéries multirésistantes.Nous avons procédé à un examen approfondi de 11 meules fongiques provenant de cinqespèces de termites et nous avons découvert des propriétés antibiotiques remarquables desextraits bruts des meules fongiques. Nous avons identifié, en particulier, le méglutol commeun composant important dans les fractions actives de plusieurs meules, notamment ceuxcollectés dans les champs agricoles. La non-détection de ce méglutol dans d’autres meulesfongiques pourrait être liée à la présence de molécules bioactives non encore détectées dansles meules fongiques, contribuant ainsi ‡ leur pouvoir antimicrobien.Dans la troisième partie de notre thèse, au Sénégal, nous avons étudié la présence detréponèmes de la famille des Breznakiellaceae dans diverses espèces de termites en utilisantdes méthodes moléculaires et de microscopie électronique modernes. Parmi les 62 colonies de termites étudiées, 82,2% des échantillons portaient de l'ADN de tréponèmes. Nous avonsensuite caractérisé ces tréponèmes identifiés par amplification du gène 23S de l’ARNr à l'aided'une PCR standard spécifique aux Treponemataceae et aux Breznakiellaceae. Les séquencesobtenues ont montré une similarité avec des tréponèmes connus. Afin de confirmer laprésence des tréponèmes identifiés moléculairement, nous avons également utilisé lamicroscopie électronique (Hitachi TM4000), une autre technique innovante pour confirmer etdétecter la présence de Treponema chez Trinervitermes geminatus.Nos travaux nous ont donc permis d’une part de confirmer la présence de moléculesbioactives dont le méglutol dans les meules fongiques. D’autre part, en utilisant une approchemoléculaire et de microscopie électronique, nous avons montré que la diversitéphylogénétique des tréponèmes intestinaux des termites est plus importante que prévu.