Diagnostic moléculaire des méningites communautaires : approche basée sur le séquençage direct par métagénomique

Les méningites communautaires sont des urgences vitales, dont le pronostic est partiellement associé au génotype de l'agent pathogène. plus de 100 microbes sont impliqués dans les méningites infectieuses, identifiés dans le liquide céphalorachidien (LCR). La culture de LCR est le gold standard du diagnostic des méningites, mais actuellement ce diagnostic de routine est basé sur la détection par PCR multiplexe en temps réel des pathogènes les plus fréquents. Cependant, le génotypage des microbes responsables tel que les Entérovirus qui couvrent plus de 300 sérotypes différents, ainsi que le génotypage et l’antibiogramme des bactéries pathogènes, nécessitent des investigations in-vitro supplémentaires. Notre étude rétrospective de 20,779 LCR prélevés dans le cadre du diagnostic des méningites communautaires au cours de 61 mois, analysés dans les laboratoires de microbiologie clinique de Nîmes et Marseille a montré l’absence de documentation dans plus de 89% des cas. La métagénomique NGS est un outil potentiel pour le diagnostic direct des méningites infectieuses à partir de LCR en détectant le génome pathogène sans PCR préalable. Dans ce travail de Thèse, nous avons répondu à quatre problématiques : 1) Mise à jour du répertoire des agents pathogènes causatifs de méningites, détectés par métagénomique NGS directe du LCR. 2) Epidémiologie des méningites communautaires à Nîmes et Marseille. 3) Amélioration de diagnostic et génotypage des méningites à Entérovirus. 4) Développement et implantation d’un protocole “one-shot” utilisant la métagénomique en temps réel pour le diagnostic, le génotypage et l’antibiogramme in-silico des méningites au laboratoire point-de-soins (POC).