Past and present biodiversity of giraffes (Mammalia, Cetartiodactyla)

Biodiversité actuelle et historique des girafes (Mammalia, Cetartiodactyla) En 1758, Carl von Linné proposa de classer les girafes dans l’espèce Cervus camelopardalis en s’appuyant sur des descriptions anciennes de spécimens censés provenir du Sennar (Soudan) et d’Ethiopie. En 1785, la première preuve concrète (peau et squelette) de l’existence des girafes est rapportée par François Levaillant en provenance du Cap de Bonne-Espérance. L'exploration de l'Afrique subsaharienne par les naturalistes européens aux XIXe et XXe siècles a permis d’enrichir les collections muséales. Les nombreux spécimens ramenés présentant des variations du pelage et du crâne, plusieurs espèces et sous-espèces ont été décrites au fur et à mesure des découvertes. Aujourd’hui, l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN) ne reconnait cependant qu’une seule espèce et neuf sous-espèces, alors que des études génétiques concluent à l’existence de quatre à sept espèces au sein du genre Giraffa. Au cours de de cette thèse, la systématique des girafes a été examinée en analysant trois jeux de données moléculaires complémentaires : (1) 21 introns autosomaux disponibles dans les banques pour 137 individus ; (2) un fragment mitochondrial (couvrant le gène du cytochrome b jusqu’à la région 5’ de la région de contrôle) séquencé pour 548 individus, dont 19 spécimens historiques, notamment Zarafa et les girafes de Levaillant ; (3) quatre gènes du chromosome Y (AMELY, DDX3Y, SRY, ZFY) et leurs homologues du chromosome X, extraits à partir des génomes de six girafes, deux okapis et 11 autres ruminants. L’analyse des données autosomales par différentes méthodes de délimitation d’espèces (phylogénie, structure des populations, coalescence) indique l’existence de trois espèces : Giraffa camelopardalis (girafe du nord), G. tippelskirchi (girafe masaï d’Afrique de l’Est) et G. giraffa (girafe du sud). Cette hypothèse taxonomique est corroborée par l’analyse des gènes du chromosome Y. Les discordances observées entre les données mitochondriales et nucléaires sont expliquées, d’une part, par des introgressions mitochondriales et, d’autre part, par la philopatrie des femelles et une plus grande capacité de dispersion des mâles. L’intégration de girafes collectées aux XVIIIe et XIXe siècles dans les analyses phylogéographiques a permis de proposer une nouvelle classification du genre Giraffa, notamment une nouvelle sous-espèce, aujourd’hui éteinte, décrite à partir de spécimens du Sénégal. L’estimation moléculaire des temps de divergence suggère que les populations de girafes ont évolué en réponse aux changements climatiques du Pléistocène.