Stratégies de génotypage pour la sélection génomique chez la poule pondeuse

Le développement d’une puce à SNP commerciale haute densité (HD) de 600 000 SNP en 2013 a permis la mise en place de la sélection génomique dans les filières poules de ponte et poulets de chair. Toutefois cet outil reste cher pour une utilisation en routine sur les candidats de la sélection. En parallèle, de nouvelles techniques de séquençage NGS permettent d’envisager des solutions autres que les puces à SNP pour la sélection génomique. Un des enjeux de la sélection génomique est donc de développer des outils de génotypage ou de séquençage des candidats à la sélection à moindre coût. À partir des génotypes HD d’une population de référence, il est alors possible avec des méthodes d’imputation de déduire les génotypes HD des candidats. Un premier travail a consisté à étudier l’impact de différents facteurs concernant le développement des puces à SNP basse densité (BD)ou la constitution de la population de référence sur l’efficacité de l’imputation. L’impact de l’utilisation ou non de l’imputation sur l’évaluation génomique des candidats à la sélection a également été analysé. Les résultats montrent qu’une méthodologie équidistante, pour une densité supérieure à 5K SNP, est adaptée pour obtenir de bons résultats d’imputation et une bonne précision d’évaluation génomique. Pour une densité supérieure à 5K SNP, il est également possible d’utiliser les puces BD sans imputation.Les génotypages BD ont ensuite été remplacés par des génotypages issus de méthodes RAD-Seq par simulation. En fonction de l’enzyme de restriction utilisée, les études ont montré que les méthodes RAD-Seq