Entérovirus D68 : analyse épidémiologique & génomique

L’entérovirus D68 (EV-D68), isolé pour la première fois en 1962, a été ensuite peu détecté pendant plusieurs décennies. Depuis 2014, des épidémies sont rapportées tous les deux ans en Europe et aux USA. L’analyse moléculaire des souches qui circulent à l’échelle mondiale montre qu’elles se répartissent en quatre clades A à D ; le clade B a été à l’origine de la majorité des épidémies récentes. Ce virus est responsable d’infections respiratoires sévères rapportées chez l’enfant principalement, en particulier en cas de maladie respiratoire sous-jacente. Des complications neurologiques proches de celles associées aux poliovirus ou à l’EV-A71, sont rattachées à une entité neurologique propre à l’EV-D68, la myélite flasque aiguë, caractérisée par des séquelles fréquentes. L’objectif de la thèse était d’analyser les données épidémiologiques concernant les infections à EV-D68 recueillies sans sélection des patients, entre 2014 et 2018 au CHU de Clermont-Ferrand et de comparer les souches détectées chez les enfants et les adultes à celles qui circulent à l’échelle mondiale. Les souches identifiées chez les patients appartiennent aux sous-clades B3 et D1. Nous montrons que l’augmentation du nombre d’adultes infectés au cours de la période coïncide avec l’émergence du sous-clade D1. Pour franchir le cap de l’épidémiologie moléculaire basée sur l’étude des séquences VP1 et passer à l’épidémiologie génomique, nous avons développé une technique d’amplification du génome complet applicable aux échantillons cliniques. Elle a été combinée au séquençage NGS. L’analyse des variations moléculaires a été réalisée de façon exhaustive pour tous les sous-clades. Plusieurs substitutions nucléotidiques dans les régions non codantes et d’acides aminés dans les sites antigéniques ont été mises en évidence pour chacun des groupes phylogénétiques. Nous avons aussi analysé l’histoire évolutive du virus et exploré la diffusion géographique. Ces travaux ont permis d’intégrer dans la même étude des données d’épidémiologie clinique et d’épidémiologie génomique. Notre analyse comparative suggère que plusieurs mutations dans tout le génome sont nécessaires pour faire émerger un clade ou sous-clade épidémique pérenne. Des mutations dans les protéines non structurales combinées à des variations antigéniques peuvent conduire à un avantage sélectif plus décisif que chaque mutation isolée.