Gestion durable de la variabilité génétique des ruminants domestiques : approches in situ et ex situ

En France, la conservation et la gestion de la variabilité génétique des populations de ruminants est un champ important de recherche et d'activité. L'expérience française combine des actions de terrain efficaces ; la préservation des populations ex situ grâce à la Cryobanque nationale ; des recherches méthodologiques débouchant sur des recommandations pratiques ; le développement d'indicateurs de la variabilité génétique des populations et de logiciels correspondants. Cette étude propose d'élaborer un bilan des actions de gestion et conservation de la variabilité génétique réalisées in situ via le calcul d'indicateurs, et l'évaluation des collections de la Cryobanque nationale à partir de différents critères.A partir de bilans de variabilité génétique, réalisés à partir des généalogies de 69 populations de ruminants sélectionnés en France, quatre facteurs majeurs expliquent la variation des valeurs des indicateurs de variabilité. Ce sont : le taux de pénétration de l'IA ; l'effectif des reproducteurs ; les systèmes de gestion de la diversité ; l'existence ou non d'introgression de gènes étrangers. Ces facteurs varient fortement suivant les filières considérées : bovins laitiers, petits ruminants laitiers, bovins allaitants, ovins allaitants et races à petits effectifs.Une évaluation des dispositifs d'échantillonnage de la Cryobanque montre, pour les bovins laitiers, l'efficacité du dispositif, mais qu'il pourrait être amélioré en échantillonnant les candidats à la Cryobanque principalement pour les caractères les moins sélectionnés. Pour les races allaitantes, le bilan est plus mitigé. Les candidats aux collections sont limités aux mâles prélevés en centre d'IA or ils restent une minorité des reproducteurs. Quant à la réintroduction de matériel cryoconservé dans des populations fortement sélectionnées, une simulation montre qu'elle ne peut être efficace qu'accompagnée d'un changement des objectifs de sélection. Pour les races menacées ou faiblement sélectionnées, la conservation de gènes ex situ pour préserver la variabilité génétique s'avère en revanche très efficace.Les travaux réalisés permettent de mieux utiliser les indicateurs de variabilité génétique. Une suite à cette étude est le projet VARUME. Il est proposé d'automatiser la mise à jour de ces indicateurs de variabilité génétique pour toutes les populations de ruminants avec des pedigrees. Pour la Cryobanque, une meilleure valorisation et optimisation des collections est envisagée à travers différents projets, dont VARUME et CRB-Anim.