Cystites récidivantes à Escherichia coli : facteurs microbiens de la persistance

Nos travaux ont dans un premier temps proposé une approche rapide pour distinguer de façon fiable les rechutes (épisodes de cystites causées par une même souche) des réinfections (épisodes causés par deux souches distinctes), et évaluer la place de chacune dans le phénomène de récidive. Pour ce faire, nous avons typé par diverses approches (antibiotype, phylogroupage, CH typing, NGS) une collection prospective de 347 isolats de E. coli recueillis chez une 323 patientes présentant une cystite, dont 72, atteintes de CR. Ce faisant, nous avons mis en évidence que 30,6% des patientes atteintes de CR, ont rechuté au moins une fois avec la même souche de E. coli. Dans la majorité des cas, la comparaison des antibiogrammes des isolats séquentiels et/ou le CH typing étaient suffisants pour monter l’identité de deux isolats.À partir des 24 isolats responsables de rechutes identifiés dans la première partie de notre travail, nous avons mené une large étude génomique et phénotypique dans le but d’identifier des marqueurs prédictifs du caractère récidivant d’une souche de E. coli et d’étudier l’évolution des souches responsables de rechutes au cours du temps. Sur le plan génomique, nous avons observé que le génome des souches de rechutes est plus petit que celui des souches sporadiques, cette différence de taille étant supposément due à la perte d’un plasmide. Sur le plan phénotypique (fitness et biofilm), aucune différence significative n’a pu être notée entre les deux groupes, suggérant que les souches de rechute ne sont « que » des souches E. coli uropathogènes « ordinaires ». Enfin, les souches de rechute semblent s’adapter à leur hôte au cours du temps via l’accumulation de SNPs, principalement dans des gènes impliqués dans le métabolisme ou le transport membranaire.