Evolutionary history and speciation in Mascarene white-eyes (Zosteropidae)

Histoires évolutives et spéciation chez les Zostérops des Mascareignes (Zosteropidés) Comprendre la formation des espèces constitue un enjeu majeur en biologie évolutive. Avec l'essor des techniques de séquençage, cette question peut maintenant être adressée à une échelle génomique. En particulier, l'identification des régions génomiques sous sélection positive et qui pourraient agir comme des barrières au flux de gènes revêt une importance particulière puisque ces régions pourraient être impliquées dans l'édification de l'isolement reproducteur, conduisant à terme à la spéciation. Les Zostérops des Mascareignes fournissent un système de choix pour comprendre les processus impliqués dans la spéciation. En particulier, le Zostérops gris de La Réunion, un petit passereau endémique de l'île volcanique de La Réunion dans l'archipel des Mascareignes, comporte quatre formes géographiques qui diffèrent dans la coloration de leurs plumages et présentent des distributions parapatriques au sein de l'île. Ce système est idéal pour tenter d'identifier les régions génomiques qui se différencient aux prémices de la divergence. En utilisant des marqueurs génomiques (SNP) répartis dans l'ensemble du génome pour des centaines d'individus, nous étudions tout d'abord l'histoire évolutive des différentes formes géographiques du Zostérops gris de La Réunion à l'aide d'inférences phylogénétiques. Nos résultats soutiennent fortement l'hypothèse d'une diversification intra-île, et soulignent le rôle de la forte sélection et de la faible dispersion dans la divergence. Nous utilisons ensuite des génomes complets afin d'analyser les paysages génomiques de la différenciation entre les formes géographiques du Zostérops gris de la Réunion et entre le Zostérops gris de La Réunion et d'autres espèces étroitement apparentées. Nos résultats montrent que l'incorporation de l'information des taux de recombinaison améliore la détection d'îlots de différenciation chez le Zostérops gris de La Réunion qui reflètent probablement une sélection en cours. Enfin, nous étudions les impacts d'évènements climatiques et géologiques passés sur les trajectoires évolutives de trois Zostérops des Mascareignes. Nos résultats suggèrent que les évènements locaux à l'échelle de l'île de La Réunion ou de Maurice pourraient être le principal moteur des trajectoires démographiques dans ce système. Dans l'ensemble, les résultats de cette thèse complètent notre compréhension de l'origine de la diversité dans les îles océaniques lointaines et au-delà.