Characterization of gregarine genomes and their deduced proteomes to understand the diversification of apicomplexans and their adaptation to parasitic lifestyle

Caractérisation de génomes de grégarines et de leurs protéomes déduits pour comprendre la diversification des apicomplexes et leur adaptation au mode de vie parasitaire Les apicomplexes sont des micro-organismes eucaryotes unicellulaires ayant évolué vers un mode de vie parasitaire strict. Certains groupes d’apicomplexes comprennent des espèces à l’origine de pathologies graves telles que le paludisme (Plasmodium spp.), la toxoplasmose (Toxoplasma gondii) et la cryptosporidiose (Cryptosporidium spp.). Si les génomes de ces agents hautement pathogènes sont maintenant bien documentés, ce n’est pas le cas pour d’autres lignées d’apicomplexes comme les grégarines, considérées comme basales au sein des Apicomplexa, ont un faible pouvoir pathogène et surtout ne sont pas cultivables. Leur étude moléculaire représente actuellement un goulot d’étranglement majeur, alors qu’une connaissance précise de leurs génomes serait essentielle pour mieux comprendre l’histoire évolutive des parasites apicomplexes et la diversité de leurs adaptations au mode de vie parasitaire. Au cours de cette thèse, la caractérisation du génome de 2 grégarines marines, Porospora gigantea, parasite du homard européen Homarus gammarus et Diplauxis hatti, parasite du ver marin Polychaeta Perinereis cultrifera ; et d’une grégarine terrestre, Gregarina acridiorum, parasite du criquet Locusta migratoria a été réalisée. La découverte de deux génomes coexistants correspondant à l’espèce morphologiquement décrite P. gigantea, tout comme un second exemple impliquant G. acridiorum, illustrent l’ampleur des révisions taxonomiques à venir, et la nécessité de se tourner vers des marqueurs moléculaires, probablement à l’échelle génomique, pour évaluer correctement la diversité des grégarines. Par ailleurs, les premières analyses de génomique comparative incluant des grégarines révèlent une diversité génétique insoupçonnée chez ces organismes. Une analyse des protéines du glidéosome à l’échelle des apicomplexes a également été réalisée. Ce modèle fait référence à une structure moléculaire complexe à l’origine du gliding, un mouvement caractéristique des Apicomplexa et essentiel à la manifestation de leur pathogénicité. Une étude comparative détaillée met en évidence sa conservation différentielle à l’échelle des apicomplexes, suggérant une diversité d’adaptations aux problèmes de motilité et d’invasion des cellules hôtes. Ce travail illustre l’importance de prendre en compte les apicomplexes non-modèles, non pathogènes et non cultivables pour fournir des indices nouveaux sur les capacités d’adaptation déployées par ce groupe de parasite à l’importance écologique et médicale majeure.