Effects of stocking practices on the functional and body size structure of fish communities in lake ecosystems

Effets de la pratique du repeuplement sur la structure fonctionnelle et en taille des communautés de poissons lacustres Le repeuplement est une pratique de gestion communément utilisée par les gestionnaires des milieux d'eau douce. Cette pratique consiste à relâcher des poissons, souvent issus de pisciculture, dans un écosystème donné afin d'augmenter les stocks de poissons. Bien que les effets de cette pratique puissent se répercuter à travers tous les niveaux de l'organisation biologique, son impact sur les communautés et l'écosystème reste mal connu à cause d'un manque de suivi. Ainsi, l'objectif général de ce travail de thèse était de quantifier les effets du repeuplement sur la structure des communautés et le fonctionnement des écosystèmes. Dans un premier chapitre, nous avons estimé les risques écologiques des programmes de repeuplement sur les communautés des grands lacs de France métropolitaine. Nos résultats ont montré que le repeuplement impactait significativement la structure fonctionnelle et en taille des communautés réceptrices, et ce même en l'absence de changement de leur composition taxonomique. Cependant, les effets étaient modulés par les caractéristiques initiales des communautés (i.e., densité de poissons et diversité d'espèces), soulignant la contexte-dépendance des effets du repeuplement. Dans un second chapitre, nous nous sommes attachés à comprendre les causes et les conséquences des pratiques récentes de repeuplement au sein d'un réseau de lacs de gravières situé dans la plaine alluviale de la Garonne. Nos résultats ont montré que l'intensification du repeuplement était associée à une augmentation de la richesse taxonomique et fonctionnelle, ainsi que des changements densité-dépendants de la structure en taille des communautés. Ces modifications de la structure des communautés étaient en partie expliquée par le fait que les poissons repeuplés présentaient des caractéristiques phénotypiques qui répondaient essentiellement à des demandes halieutiques (i.e., grande taille et espèces prédatrices). Dans un troisième chapitre, reposant sur une approche expérimentale, nous avons évalué si l'amélioration de l'habitat permettait de limiter l'impact du repeuplement sur les communautés de proies et le fonctionnement de l'écosystème. Nos résultats ont montré que le repeuplement a eu un impact limité sur les communautés de proies et que cet impact était compensé avec le déploiement d'un habitat ligneux placé dans une cage en acier. Cependant, le déploiement de cet habitat a aussi engendré, en contrepartie, un impact sur le fonctionnement de l'écosystème, démontrant ainsi toute la difficulté de compenser les impacts du repeuplement, même à l'aide d'une pratique de gestion intégrative. Par conséquent, le repeuplement joue un rôle majeur dans la dynamique écologique des communautés, notamment par le déversement souvent massif et régulier d'individus dont le phénotype répond à des exigences halieutiques. Cependant, un meilleur suivi des pratiques et des études complémentaires seront déterminants pour comprendre toute l'ampleur des effets de cette pratique sur les dynamiques éco-évolutives, le fonctionnement des écosystèmes et les services qui en sont issus. L'étude de mesures complémentaires et intégratives sera également cruciale pour assurer la pérennité de la pratique de la pêche.